Skip to content

Develop issue107 108 109 #113

New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Merged
xiaoliz0 merged 2 commits into from
Jun 11, 2026
+10 −6
Merged

Develop issue107 108 109 #113

Changes from all commits
Commits
Show all changes
2 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
a379cad
Update text contents in the remisse_draft based on the requests from …
xiaoliz0 Jun 9, 2026
4aca72d
Report the TMB from Illumnina in the remisse draft file instead of TM…
xiaoliz0 Jun 10, 2026
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
16 changes: 10 additions & 6 deletions Script/PRONTO.py
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -59,6 +59,7 @@
TMB_DRUP = ""
str_TMB_DRUP = ""
TMB_TSO500 = ""
TMB_TSO500_nr = 0
MSI_TSO500 = ""
pipline = ""

Expand Down Expand Up @@ -788,6 +789,7 @@ def update_ppt_variant_summary_table(data_nrows,DNA_sampleID,RNA_sampleID,TMB_DR
DNA_summary_file = open(DNA_variant_summary_file)
global str_TMB_DRUP
global TMB_TSO500
global TMB_TSO500_nr
global MSI_TSO500
for line in DNA_summary_file:
if(line.startswith(DNA_sampleID)):
Expand Down Expand Up @@ -959,7 +961,7 @@ def update_ppt_variant_summary_table(data_nrows,DNA_sampleID,RNA_sampleID,TMB_DR
return stable_text


def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,str_TMB_DRUP,TMB_DRUP,stable_text,sample_material,sample_type,sample_list,pipline):
def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,TMB_TSO500_nr,stable_text,sample_material,sample_type,sample_list,pipline):
from docx import Document
from docx.shared import Pt
from docx.shared import RGBColor as docRGBColor
Expand Down Expand Up @@ -989,8 +991,10 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
if_normal_sampleID = "):\n\n"
if(RNA_sampleID != ""):
if_RNA_sampleID = " og RNA "
Gen_fusjoner_line = "Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n"
else:
if_RNA_sampleID = " "
Gen_fusjoner_line = "RNA ikke analysert.\n"
try:
ipd_material_id_str = ipd_material_id.split(",")
DNA_material_id = ipd_material_id_str[0].split(":")[1]
Expand All @@ -1002,10 +1006,10 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
except:
ipd_material_id_remisse = ipd_material_id
pg2.add_run("Utvidet genpanelanalyse, TSO500, DNA" + if_RNA_sampleID + "(ekstrahert fra " + extraction_hospital + ") " + ipd_material_id_remisse + ":\n\n")
if(str_TMB_DRUP == "NA"):
if(TMB_TSO500 == "NA"):
TMB_string = "Upålitelig, ikke beregnet\n"
else:
TMB_string = pronto.get_tmb_string(TMB_DRUP)
TMB_string = pronto.get_tmb_string(TMB_TSO500_nr)
if(stable_text == "Unstable"):
stable_text = "Ustabil"
if(stable_text == "Stable"):
Expand All @@ -1016,7 +1020,7 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
text3 = pg2.add_run("Ingen kopitall av sikker klinisk betydning.\n")
text3.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Gen-fusjoner: ")
text4 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n")
text4 = pg2.add_run(Gen_fusjoner_line)
text4.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Somatiske punkt mutasjoner/insersjoner/delesjoner: ")
text5 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n\n")
Expand All @@ -1025,7 +1029,7 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_
pg2.add_run("(lim inn tekst under # i LVMS i vurderingsfeltet)\n")
pg2.add_run("##########################################################\n\n")
year = time.strftime("%Y", time.localtime())
text6 = pg2.add_run("Funnene er diskutert med overlege XXXX på Mol-MDT-møtet XX.XX." + year + ".\n\nPasienten er diskutert på pre-Mol-MDT-møte XX.XX." + year +".Ettersom det ikke er funn som tilsier utprøvende behandlingsmulighet har man ikke kalt inn behandlende lege til Mol-MDT-møte. Ta kontakt dersom noe er uklart.\n\nKimbane funn som skal følges opp? XXXXXXX. HGVS nomenklatur:\nGEN:ENSTxxx:c.xxx>y:p.AxxxB\n\nDet var dessverre ikke tilstrekkelig mengde og/eller kvalitet av DNA/RNA til at sekvenseringsanalysen kunne gjennomføres.\n\n")
text6 = pg2.add_run("Funnene er diskutert med overlege XXXX på Mol-MDT-møtet XX.XX." + year + ".\n\nPasienten er diskutert på pre-Mol-MDT-møte XX.XX." + year +".Ettersom det ikke er funn som tilsier utprøvende behandlingsmulighet har man ikke kalt inn behandlende lege til Mol-MDT-møte. Ta kontakt dersom noe er uklart.\n\nVi påviser en variant i XX-genet hvor vi ikke kan avgjøre om denne er somatisk eller i kimbane.\n(gennavn): NM_xxxx: c.xxx: p.xxx: p.XxxxX.\n\nVi anbefaler å diskutere kimbanetesting med pasienten. Behandlende lege kan rekvirere kimbanetest (blodprøve) ved medisinsk genetisk laboratorium. Rekvisisjonen må inkludere detaljert informasjon om varianten (se over). Dersom varianten påvises i kimbane, kan pasientens henvises til genetisk veiledning.\n\nDet var dessverre ikke tilstrekkelig mengde og/eller kvalitet av DNA/RNA til at sekvenseringsanalysen kunne gjennomføres.\n\n")
text6.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80)
pg2.add_run("Kun funn med klinisk/diagnostisk betydning er rapportert, men se den vedlagte Mol-MDT-rapporten for utfyllende informasjon om testresultatet.\n\nFor teknisk beskrivelse og metodeprinsipp av analyse, vennligst se «TSO 500 genpanelanalyse (utvidet molekylæranalyse)» på nettsiden Metodebok.no under Helse Sør-Øst og OUS.")

Expand Down Expand Up @@ -1572,7 +1576,7 @@ def main(argv):

if(remisse_mail == True):
remisse_file = output_path + ipd_no + "_Remisse_draft.docx"
remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,str_TMB_DRUP,TMB_DRUP,stable_text,str(sample_material),sample_type,sample_list,pipline)
remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,TMB_TSO500_nr,stable_text,str(sample_material),sample_type,sample_list,pipline)
# Move MTF file into extra_files folder if it exists.
if os.path.exists(ipd_material_file_new):
move_ipd_material_file = shutil.move(ipd_material_file_new, extra_path)
Expand Down
Loading