From 80d626b14c32e6f3ace4e53339f2f4e1afd3de28 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Ubuntu Date: Mon, 30 Mar 2026 08:20:54 +0000 Subject: [PATCH 1/2] Update FreeBayes parameters for nf-core/eager compatibility --- tools/freebayes/freebayes.xml | 255 ++++-- tools/freebayes/leftalign.xml | 2 +- .../test-data/freebayes-phix174-test8.vcf | 788 ++++++++++++++++++ 3 files changed, 976 insertions(+), 69 deletions(-) create mode 100644 tools/freebayes/test-data/freebayes-phix174-test8.vcf diff --git a/tools/freebayes/freebayes.xml b/tools/freebayes/freebayes.xml index 93b762ec5d4..0be61464dfc 100644 --- a/tools/freebayes/freebayes.xml +++ b/tools/freebayes/freebayes.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + bayesian genetic variant detector macros.xml @@ -46,6 +46,20 @@ ln -s '$options_type.optional_inputs.input_variant_type.input_variant_vcf.metadata.tabix_index' input_variant_vcf.vcf.gz.tbi && #end if + ##If custom_discovery mode is selected, run the script directly without splitting the genome and cut the script! + #if str( $options_type.options_type_selector ) == "custom_discovery": + freebayes + #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ): + --bam 'b_${bam_count}.${input_bam.ext}' + #end for + --fasta-reference '${reference_fasta_filename}' + -p $options_type.p_val + -C $options_type.c_val + -g $options_type.g_val + > '${output_vcf}' ; + exit \$? ; + #end if + ##if the user has specified a region or target file, just use that instead of calculating a set of unique regions #if str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) == "limit_by_target_file": ln -s '${target_limit_type.input_target_bed}' regions_all.bed && @@ -347,6 +361,7 @@ + @@ -621,6 +636,11 @@ + + + + + @@ -644,61 +664,97 @@ ( options_type['options_type_selector'] == 'cline' or options_type['options_type_selector'] == 'full' ) and options_type['optional_inputs']['optional_inputs_selector'] == 'set' and options_type['optional_inputs']['output_trace_option'] is True + - - - - - + + + + + + + + + + + + - - - - - + + + + + + + + + + + + - - - - - + + + + + + + + + + + - + - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + @@ -707,55 +763,118 @@ + - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + indels in BAM datasets macros.xml diff --git a/tools/freebayes/test-data/freebayes-phix174-test8.vcf b/tools/freebayes/test-data/freebayes-phix174-test8.vcf new file mode 100644 index 00000000000..c80c9286d52 --- /dev/null +++ b/tools/freebayes/test-data/freebayes-phix174-test8.vcf @@ -0,0 +1,788 @@ +##fileformat=VCFv4.2 +##fileDate=20260329 +##source=freeBayes v1.3.10 +##reference=localref.fa +##contig= +##phasing=none +##commandline="freebayes --bam b_0.bam --fasta-reference localref.fa -p 2 -C 1 -g 0" +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##INFO= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +##FORMAT= +#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT unknown +phiX174 32 . A G 1.32936 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.60509;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=71;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:71:1:31:-2.40069,0,-3.09777 +phiX174 46 . T C 0.0535013 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.39362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:28:-1.42093,0,-6.12658 +phiX174 59 . A G 0.0727956 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.08344;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:35:-1.55564,0,-6.12658 +phiX174 63 . A G 0.0845433 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.92942;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=180;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:180:1:31:-1.79863,0,-7.79877 +phiX174 67 . T A 0.0265938 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09257;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=232;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:232:1:31:-1.4976,0,-10.9956 +phiX174 81 . G T 0.0396486 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.69168;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=317;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:317:1:69:-1.89355,0,-14.7113 +phiX174 119 . A T 0.023771 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.20525;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=192;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:192:1:34:-1.24454,0,-9.13574 +phiX174 127 . CG AC 0.000174789 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=475;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:475:1:32:-0.0129789,0,-20.1698 +phiX174 133 . A C 1.62431e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.4964;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=552;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=14.8328;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:552:1:46:0,-0.513725,-25.4419 +phiX174 138 . AAAAT TAAAC,ACAAT 4.03404e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,1M1X3M;DP=11;DPB=11;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.7848;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=32,32;QR=620;RO=9;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:9,1,1:9:620:1,1:32,32:0,-0.864179,-25.6942,-0.204663,-23.5271,-25.094 +phiX174 160 . A C,G 0.0641812 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.58121;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,27;QR=174;RO=3;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,1,1:3:174:1,1:31,27:-1.51555,0,-7.68079,-0.34406,-5.9054,-7.99904 +phiX174 205 . A G 0.00330924 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=16.0391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.17921;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=360;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=16.0391;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=16.0391;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:360:1:33:-1.04731,0,-17.7307 +phiX174 215 . A C 0.00279234 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.34911;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=387;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=16.0391;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:387:1:32:-0.973525,0,-17.8638 +phiX174 216 . A C 0.000552509 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96953;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=402;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:402:1:30:-0.512823,0,-20.2231 +phiX174 239 . A C 0.00514276 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.73813;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=249;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:249:1:27:-0.782939,0,-12.1513 +phiX174 241 . T C 0.407516 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.48133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=134;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:134:1:33:-2.25143,0,-4.98586 +phiX174 255 . T G 0.178468 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.21433;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:29:-1.93309,0,-4.98674 +phiX174 258 . C T 0.0640859 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.21188;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:31:-1.49986,0,-6.12658 +phiX174 264 . C A 0.143496 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.41604;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=90;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:90:1:28:-1.84549,0,-5.8729 +phiX174 266 . T A 0.0191606 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=175;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:175:1:29:-1.15073,0,-9.11306 +phiX174 272 . A G 0.101003 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.74984;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=125;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:125:1:32:-1.87661,0,-7.36028 +phiX174 274 . T C 0.0178504 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=183;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:183:1:28:-1.1199,0,-9.01974 +phiX174 305 . GT TG 0.000557627 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96031;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=375;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:375:1:30:-0.273789,0,-17.0023 +phiX174 307 . A C 0.00387973 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0201;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=396;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:396:1:34:-1.11641,0,-16.0397 +phiX174 311 . A G 0.00392026 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0097;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=478;RO=7;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:478:2:70:-1.91487,0,-18.7749 +phiX174 328 . T C 3.42315e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=16.9077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.0535;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=597;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=3.87889;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:597:1:30:0,-0.930331,-27.9189 +phiX174 331 . A C 1.30932e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=14.8328;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.712;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=573;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:573:1:31:0,-0.607347,-24.1481 +phiX174 332 . A C 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=14.8328;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=507;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:507:1:27:0,-0.722211,-23.9277 +phiX174 335 . A G 0.000114878 . AB=0.1;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=14.8328;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.5402;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=487;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:487:1:36:-0.335847,0,-23.7236 +phiX174 336 . G T 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=588;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:588:1:27:0,-0.722211,-25.4265 +phiX174 337 . C G 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=592;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:592:1:27:0,-0.722211,-25.4302 +phiX174 342 . A G 3.00228e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1847;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=567;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:567:1:28:0,-0.987306,-28.785 +phiX174 347 . T G 0.000371421 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.36669;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=384;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:384:1:28:-0.34034,0,-19.366 +phiX174 354 . G A 1.55927e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5373;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=615;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:615:1:38:0,-0.531473,-26.729 +phiX174 356 . C G 1.41381e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6352;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=620;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:620:1:33:0,-0.574004,-25.7151 +phiX174 362 . C A 0.00251387 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.4542;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=289;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:289:1:69:-0.693803,0,-12.6162 +phiX174 365 . T A 0.00228614 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.54918;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=280;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:280:1:35:-0.652552,0,-13.6934 +phiX174 372 . A C 0.130809 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.48748;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=250;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:250:1:71:-2.19468,0,-9.68626 +phiX174 374 . T G 23.3387 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.58025;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=141;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2:2:141:2:75:-5.19433,0,-3.54586 +phiX174 434 . GG CC 0.0055861 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=229;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:229:1:28:-0.818874,0,-12.1383 +phiX174 441 . A C 0.0265943 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09257;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=253;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:253:1:31:-1.4976,0,-9.95205 +phiX174 446 . GCT ACA 0.00834118 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.25414;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49;QR=249;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:249:1:49:-0.99313,0,-10.9637 +phiX174 449 . C G 0.0220458 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.28065;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:30:-1.41591,0,-9.96451 +phiX174 479 . C A 0.0384837 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.72164;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:27:-1.45457,0,-9.1554 +phiX174 497 . T G 0.0176097 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.50583;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=273;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:273:1:36:-1.53997,0,-13.7108 +phiX174 499 . T G 0.00956626 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.11696;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=302;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:302:1:32:-1.27455,0,-14.0307 +phiX174 503 . GAGTA GCGTC,TCGTA 0.00217963 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1M1X2M1X,2X3M;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=5,2;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.00707;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=44,25;QR=281;RO=5;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;SRF=0;SRP=13.8677;SRR=5;TYPE=complex,mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,1,1:5:281:1,1:44,25:-0.453692,0,-14.7231,-0.294927,-13.3696,-14.9935 +phiX174 519 . A C 4.91602e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.389;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=512;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:512:1:32:0,-0.288051,-21.2719 +phiX174 520 . TT GG 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=364;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:364:1:28:0,-0.385246,-20.1708 +phiX174 530 . C A 0.000467075 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.13752;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=568;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=12.7819;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:568:1:37:-0.689743,0,-19.9201 +phiX174 535 . C A 0.00670098 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.47364;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=240;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:240:1:31:-0.897803,0,-8.65865 +phiX174 539 . T G 0.00723295 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.39687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=259;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:259:1:33:-0.931146,0,-8.8515 +phiX174 548 . C G 0.0179061 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=148;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:148:1:28:-1.1199,0,-6.86144 +phiX174 556 . A C 0.0203699 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.36104;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=161;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:161:1:30:-1.17688,0,-6.82274 +phiX174 561 . T C 0.0191619 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=182;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:182:1:29:-1.15073,0,-8.02298 +phiX174 567 . T G 0.000174789 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=417;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:417:1:32:-0.0129789,0,-17.8594 +phiX174 573 . ACGCT CCGCG,GCGCT 5.02792e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,1X4M;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.7856;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=39,25;QR=516;RO=8;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=20.3821;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:8,1,1:8:516:1,1:39,25:0,-0.460309,-23.4204,-0.74375,-22.0578,-23.6787 +phiX174 581 . C G 4.23581e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.8405;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=667;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:667:1:37:0,-0.837821,-28.1456 +phiX174 590 . A G 3.75531e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.9609;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=652;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.8276;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:652:1:32:0,-0.890111,-30.1211 +phiX174 596 . T G 3.88797e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.9262;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=680;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=16.9077;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:680:1:33:0,-0.875034,-29.0378 +phiX174 599 . C G 2.35928e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.1231;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=639;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:639:1:27:0,-0.351614,-23.3072 +phiX174 605 . T G 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=409;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:409:1:29:-0.247641,0,-16.0416 +phiX174 614 . T A 1.48876e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5835;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=514;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:514:1:35:0,-0.551568,-23.0871 +phiX174 616 . A G 2.90184e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.9161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=408;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:408:1:28:0,-0.26172,-21.0668 +phiX174 618 . TTT CTG,TGT 4.38649e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X1M1X,1M1X1M;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=2;ODDS=12.009;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=30,25;QR=488;RO=8;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:8,1,1:8:488:1,1:30,25:0,-0.557304,-21.2249,-0.738645,-19.8588,-21.3902 +phiX174 625 . C A 1.36557e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6699;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=627;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:627:1:32:0,-0.589081,-23.544 +phiX174 630 . G A 4.48119e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.4816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=458;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:458:1:30:0,-0.328271,-20.6466 +phiX174 633 . A C 1.45462e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6067;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=544;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:544:1:34:0,-0.561643,-23.6685 +phiX174 635 . T C,G 0.000680343 . AB=0.111111,0.111111;ABP=14.8328,14.8328;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.93058;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=34,41;QR=445;RO=7;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,1,1:7:445:1,1:34,41:-0.529739,0,-18.3155,-0.734363,-16.6871,-18.9856 +phiX174 637 . C A 2.90184e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.9161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=596;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:596:1:28:0,-0.26172,-24.2679 +phiX174 640 . A C,T 0.000518188 . AB=0.1,0.1;ABP=16.9077,16.9077;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.21675;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,69;QR=496;RO=8;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=0;SRP=20.3821;SRR=8;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:10:8,1,1:8:496:1,1:31,69:-0.655333,-0.69698,-20.6491,0,-17.9153,-20.014 +phiX174 642 . T A 0.000454427 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.16497;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=480;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:480:1:29:-0.427943,0,-19.069 +phiX174 661 . T G 1.36557e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6699;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=507;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:507:1:32:0,-0.589081,-25.2092 +phiX174 662 . T C 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=484;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:484:1:27:0,-0.722211,-24.4151 +phiX174 670 . C G 5.35953e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3026;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=538;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:538:1:35:0,-0.250538,-22.3505 +phiX174 678 . A G 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=398;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:398:1:29:-0.247641,0,-16.0118 +phiX174 683 . G T 0.000557627 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96031;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=352;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:352:1:30:-0.273789,0,-14.8736 +phiX174 685 . A T 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=414;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:414:1:31:0,-0.00528687,-16.8031 +phiX174 687 . G A 1.48876e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5835;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=562;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:562:1:35:0,-0.551568,-22.3223 +phiX174 690 . GCTG ACTA 1.54029e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5495;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=589;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:589:1:37:0,-0.536791,-23.4888 +phiX174 697 . T G 1.24478e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.7625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=575;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=14.8328;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:575:1:30:0,-0.629301,-24.4771 +phiX174 704 . A G 8.18803e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.94546;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.484;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=756;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=4.78696;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:756:1:28:0,-1.28834,-30.3091 +phiX174 709 . T G 2.65957e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.6085;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=740;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.9056;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=5.9056;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:740:1:31:0,-1.51044,-33.4654 +phiX174 712 . T G 8.42348e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.51363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.3077;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.7582;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=881;RO=13;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.51363;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=10;SRP=11.1951;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:881:1:37:0,-1.74091,-36.7812 +phiX174 721 . T A 8.18803e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.484;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=670;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=10;SRP=19.0002;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:670:1:28:0,-1.28834,-31.5243 +phiX174 722 . C T 1.08466e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9002;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=653;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:653:1:38:0,-0.166223,-29.0525 +phiX174 726 . C G 9.76359e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.0054;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=671;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=16.9077;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:671:1:29:0,-0.475147,-28.5906 +phiX174 728 . T A 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=596;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=22.5536;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:596:1:28:0,-0.686276,-26.2118 +phiX174 732 . G T 5.26847e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=36;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.6223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=805;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:805:1:71:0,-0.213563,-35.5074 +phiX174 733 . T C 2.21759e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7902;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=757;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.9056;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:757:1:28:0,-1.58937,-36.6435 +phiX174 735 . A C 5.89438e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.8126;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=780;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:780:1:28:0,-1.16481,-36.933 +phiX174 740 . C G 6.48803e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4141;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=682;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.8276;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=10.8276;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:682:1:27:0,-0.652644,-30.9214 +phiX174 767 . T G 0.00279234 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.34911;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=402;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:402:1:32:-0.973525,0,-17.1042 +phiX174 770 . A C 0.0178506 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=189;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:189:1:28:-1.1199,0,-9.11693 +phiX174 788 . C G 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=453;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:453:1:31:0,-0.00528687,-19.227 +phiX174 799 . A G 0.000301978 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.57367;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=380;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:380:1:27:-0.250446,0,-19.6701 +phiX174 805 . A C 0.00362235 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.08877;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=355;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=13.8677;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:27:-0.852506,0,-14.1092 +phiX174 812 . C A 0.00159029 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.91221;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=346;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:346:1:29:-0.728973,0,-15.5753 +phiX174 813 . G C 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=393;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=16.0391;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:393:1:29:-0.247641,0,-17.083 +phiX174 816 . C G 0.000586538 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=16.0391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.90976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=364;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:364:1:31:-0.295743,0,-16.0149 +phiX174 822 . A C 0.000159329 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2131;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=436;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:436:1:30:0,-0.0272409,-18.959 +phiX174 826 . T G 0.00712209 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.41229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=358;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:358:1:39:-1.38038,0,-14.8622 +phiX174 828 . C A 0.000174789 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=463;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:463:1:32:-0.0129789,0,-17.9555 +phiX174 831 . G T 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=473;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:473:1:31:0,-0.00528687,-17.9473 +phiX174 837 . GGAG TGAT,GGAA 0.00240443 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X2M1X,3M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=4,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.10637;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=35,30;QR=342;RO=5;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,1,1:5:342:1,1:35,30:-0.410566,0,-12.7531,-0.0777332,-11.2263,-12.8244 +phiX174 857 . GGT TGC 0.000710981 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.71734;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=420;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:420:1:40:-0.379311,0,-17.1415 +phiX174 872 . G C 0.10097 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.74984;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:32:-1.87661,0,-9.1554 +phiX174 875 . G C 0.327157 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.54798;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=186;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:186:1:43:-2.39857,0,-9.08183 +phiX174 913 . AGGCA CGGCC,CGGCA 0.0454028 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,1X4M;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=29;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.92486;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=38,29;QR=184;RO=3;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:5:3,1,1:3:184:1,1:38,29:-1.36631,-0.357356,-6.97994,0,-5.03096,-6.64939 +phiX174 922 . TA AC 0.00179989 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.78837;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=281;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:281:1:29:-0.548671,0,-12.9406 +phiX174 941 . T C 0.0570401 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.39362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=110;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:110:1:28:-1.42093,0,-4.78511 +phiX174 943 . T A 0.271756 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.21433;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:29:-1.93309,0,-3.84689 +phiX174 946 . A G 0.051269 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.47636;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:27:-1.385,0,-4.98674 +phiX174 960 . T A 0.0762037 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.08344;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=116;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:116:1:35:-1.55564,0,-4.92621 +phiX174 962 . T G 0.187163 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.13871;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=138;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:138:1:36:-2.14203,0,-5.67221 +phiX174 965 . T G 0.0204171 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.36104;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=135;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:135:1:30:-1.17688,0,-6.81739 +phiX174 971 . G A 0.017911 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=165;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:165:1:28:-1.1199,0,-6.82428 +phiX174 976 . T A 0.074677 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.21188;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=103;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:103:1:31:-1.49986,0,-4.3986 +phiX174 985 . T C 0.00698609 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.43158;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=224;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:224:1:32:-0.916069,0,-10.9034 +phiX174 987 . C G 0.0074413 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.36841;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=259;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:259:1:34:-0.943507,0,-11.0712 +phiX174 1038 . A C 0.0191607 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=176;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:176:1:29:-1.15073,0,-8.77062 +phiX174 1048 . C A 0.00154347 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.9421;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=341;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:341:1:27:-0.481909,0,-15.2092 +phiX174 1054 . T G 0.0181401 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.47609;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=260;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:260:1:29:-1.33103,0,-12.1793 +phiX174 1059 . T G 0.0148321 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:28:-1.24343,0,-12.1842 +phiX174 1076 . G C 0.000186188 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0573;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=421;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:421:1:34:-0.0404168,0,-20.169 +phiX174 1078 . T C 0.000301978 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.57367;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=414;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:414:1:27:-0.250446,0,-20.057 +phiX174 1080 . G C 0.00279234 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.34911;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=367;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:367:1:32:-0.973525,0,-17.0544 +phiX174 1092 . T G 5.08968e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3543;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=536;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:536:1:33:0,-0.272974,-23.4641 +phiX174 1094 . T A 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=557;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:557:1:28:0,-0.686276,-26.7583 +phiX174 1096 . A G 5.21001e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=639;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:639:1:31:0,-0.00755338,-25.1495 +phiX174 1099 . T C 1.36557e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6699;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=571;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:571:1:32:0,-0.589081,-26.6569 +phiX174 1115 . G T 0.000187557 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.05;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=511;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:511:1:31:-0.293477,0,-21.9722 +phiX174 1121 . T G 2.77381e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5664;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=751;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=14.5915;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:751:1:32:0,-1.49217,-35.4901 +phiX174 1124 . TT GG,CT 2.7993e-07 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1X1M;DP=14;DPB=14;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=2;ODDS=16.984;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=37,25;QR=711;RO=12;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=14.5915;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:12,1,1:12:711:1,1:37,25:0,-1.67354,-34.4766,-1.94739,-33.1081,-34.7252 +phiX174 1131 . T G 3.40971e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.2308;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.36;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=734;RO=13;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=11.1951;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=7.18621;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:734:1:32:0,-1.13368,-36.5962 +phiX174 1132 . G A 1.82341e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.2885;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=903;RO=14;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=12.937;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.49198;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:903:1:30:0,-2.13445,-42.1403 +phiX174 1138 . C G 1.59821e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.7229;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=1018;RO=16;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.89611;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=7.89611;SRR=11;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:1018:1:37:0,-2.644,-47.599 +phiX174 1141 . T G 6.78661e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.13803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.8824;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.2769;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=1080;RO=17;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.26925;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=9.26925;SRR=12;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:17,1:17:1080:1:50:0,-1.73977,-49.2664 +phiX174 1149 . T C 2.88653e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.15506;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.8292;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=972;RO=15;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.1038;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=6.62942;SRR=10;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:972:1:33:0,-1.66196,-44.3192 +phiX174 1151 . C T 2.448e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2966;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=1088;RO=16;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.55317;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=16.582;SRR=13;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:1088:1:27:0,-2.45882,-48.3185 +phiX174 1164 . T G 9.73125e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.0087;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=682;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=19.0002;SRR=10;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:682:1:37:0,-0.213346,-33.1126 +phiX174 1169 . C G 3.42315e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.0535;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=695;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=24.725;SRR=10;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:695:1:30:0,-0.930331,-31.2826 +phiX174 1171 . T G 2.76081e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.966;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=648;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=24.725;SRR=10;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:648:1:35:0,-0.0237193,-28.1351 +phiX174 1176 . T G 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=573;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=22.5536;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:573:1:27:0,-0.722211,-26.0665 +phiX174 1187 . T G 1.76946e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.7134;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=656;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=19.0002;SRR=10;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:656:1:27:0,-0.953674,-31.1654 +phiX174 1190 . A G 4.09411e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.8745;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=558;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=16.9077;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:558:1:35:0,-0.852598,-29.1943 +phiX174 1205 . A C 0.00388031 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.01995;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=456;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:456:2:67:-2.11454,0,-21.3383 +phiX174 1207 . T G 5.80212e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.2232;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=525;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:525:1:43:0,-0.216078,-23.1878 +phiX174 1210 . T C,G 0.00011301 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.0661;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=29,27;QR=540;RO=8;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:8,1,1:8:540:1,1:29,27:0,-0.147831,-21.9254,-0.325327,-20.1428,-22.0872 +phiX174 1212 . A C 1.51705e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5647;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=535;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:535:1:36:0,-0.543394,-26.0312 +phiX174 1214 . G A 1.17205e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8227;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=545;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:545:1:29:0,-0.655449,-24.3664 +phiX174 1219 . T G 4.91602e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.389;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=392;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:392:1:32:0,-0.288051,-18.3349 +phiX174 1222 . T G 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=409;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:409:1:28:0,-0.084216,-15.8538 +phiX174 1227 . A C 4.71355e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.431;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=461;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:461:1:31:0,-0.306317,-18.9129 +phiX174 1229 . G C 3.28929e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7908;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=438;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:438:1:26:0,-0.462563,-19.1717 +phiX174 1231 . T G 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=483;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:483:1:28:0,-0.686276,-21.5241 +phiX174 1239 . A G 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=498;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:498:1:27:0,-0.722211,-22.3344 +phiX174 1245 . G T 0.0324554 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.8927;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=389;RO=7;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:389:2:70:-2.83427,0,-14.5618 +phiX174 1249 . T G 0.0166698 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.56079;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=464;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:464:2:74:-1.94207,0,-16.5662 +phiX174 1251 . A G 3.22313e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1137;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=576;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:576:1:29:0,-0.956479,-24.9611 +phiX174 1252 . GT TG 5.81185e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=12;DPB=12.5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.8267;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=71;PRO=1;QA=32;QR=622;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:622:1:32:0,-1.4372,-29.2539 +phiX174 1254 . T G 9.73125e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.0087;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=636;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.78696;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:636:1:37:0,-0.213346,-27.8269 +phiX174 1257 . T G 2.77381e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5664;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=667;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:667:1:32:0,-1.49217,-33.1058 +phiX174 1259 . A C 1.02418e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.2602;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=691;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=12.6832;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=7.94546;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:691:1:32:0,-1.19114,-29.9935 +phiX174 1262 . G C,T 8.10139e-07 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,25;MQMR=32;NS=1;NUMALT=2;ODDS=15.6766;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=32,30;QR=818;RO=12;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:12,1,1:12:818:1,1:32,30:0,-1.10574,-31.8028,-1.80548,-30.2682,-32.4379 +phiX174 1264 . T G 8.42348e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.51363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.3846;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.7582;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=691;RO=13;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.18621;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=7.18621;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:691:1:37:0,-1.74091,-34.0556 +phiX174 1275 . CCACT GCACC,CAACT,CCGCT 2.95028e-05 . AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AC=0,0,0;AF=0,0,0;AN=2;AO=1,1,1;CIGAR=1X3M1X,1M1X3M,2M1X2M;DP=12;DPB=12;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=5,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=25,37,25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=3;ODDS=12.5176;PAIRED=0,0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;PQR=0;PRO=0;QA=38,28,25;QR=559;RO=9;RPL=1,1,0;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPPR=9.04217;RPR=0,0,1;RUN=1,1,1;SAF=1,1,0;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=0,0,1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=complex,snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:9,1,1,1:9:559:1,1,1:38,28,25:0,-0.779198,-24.5561,-0.522933,-22.6885,-24.3109,-1.04441,-23.188,-22.9425,-24.8099 +phiX174 1282 . T A 2.21759e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7902;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=786;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.73412;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:786:1:28:0,-1.58937,-33.5841 +phiX174 1284 . T C 2.77381e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5664;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=752;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=14.5915;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.73412;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:752:1:32:0,-1.49217,-32.7728 +phiX174 1289 . A G 1.61171e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5042;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=576;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:576:1:43:0,-0.517108,-24.4872 +phiX174 1293 . T C 0.00330924 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.17921;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=390;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:390:1:33:-1.04731,0,-15.6643 +phiX174 1300 . T C 0.00223373 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.57238;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=355;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:34:-0.642477,0,-15.213 +phiX174 1314 . A G 0.00129983 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.11392;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=369;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:369:1:28:-0.64137,0,-16.9426 +phiX174 1323 . C T 0.000311892 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.54137;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=494;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:494:1:34:-0.514353,0,-21.9971 +phiX174 1332 . G T 3.12872e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.446;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=801;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=14.5915;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:801:1:37:0,-1.43988,-35.6504 +phiX174 1334 . AC CA 2.52847e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.659;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=773;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:773:1:30:0,-1.53239,-35.2831 +phiX174 1341 . A C 3.92595e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=14.7363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.8242;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=959;RO=15;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.1038;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=14.7363;SRR=12;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:959:1:27:0,-2.52839,-44.6646 +phiX174 1342 . C A 1.68538e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=16.582;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.75;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.6698;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=1001;RO=16;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.89611;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=12;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:1001:1:46:0,-2.62093,-47.7434 +phiX174 1352 . A T 3.92594e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.15506;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.8242;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=903;RO=15;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.31318;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=14.7363;SRR=12;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:903:1:27:0,-2.52839,-43.6696 +phiX174 1354 . T G 5.92598e-09 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.15506;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=20.4125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=870;RO=15;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.62942;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=14.7363;SRR=12;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:870:1:36:0,-2.34957,-44.4801 +phiX174 1355 . A C 6.75225e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.15506;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.9794;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=971;RO=15;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.31318;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=20.5268;SRR=13;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:971:1:40:0,-1.29289,-43.1247 +phiX174 1363 . TAAG AAAT 1.09097e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.197;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=650;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=19.0002;SRR=10;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:650:1:34:0,-1.1637,-32.2382 +phiX174 1371 . T A 2.17639e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5064;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=742;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=12.6832;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:742:1:28:0,-0.86378,-30.4146 +phiX174 1373 . T G 2.17639e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.94546;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5064;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=708;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=12.6832;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:708:1:28:0,-0.86378,-30.4588 +phiX174 1381 . T G 0.0001554 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.238;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=431;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:431:1:30:-0.211793,0,-21.6928 +phiX174 1385 . T G 0.000371421 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.36669;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=433;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:433:1:28:-0.34034,0,-19.6168 +phiX174 1387 . G T 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=454;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:454:1:31:0,-0.00528687,-21.1401 +phiX174 1395 . A C 0.00166048 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.86901;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=405;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:405:1:37:-0.990773,0,-18.4465 +phiX174 1397 . A T 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=395;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:395:1:29:-0.247641,0,-16.9804 +phiX174 1401 . A C 0.000611731 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.8677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=385;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:385:1:32:-0.314009,0,-16.0399 +phiX174 1418 . T A 0.0181412 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.47609;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=220;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:220:1:29:-1.33103,0,-8.67241 +phiX174 1422 . T G 0.00445495 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.88178;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=355;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:28:-0.9424,0,-11.9015 +phiX174 1424 . CCT ACG 0.0016851 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=6;DPB=6.33333;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.85429;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=1;QA=34;QR=308;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:308:1:34:-0.520044,0,-13.9921 +phiX174 1434 . C T 0.00015002 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2733;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=428;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:428:1:29:0,-0.0533891,-17.8362 +phiX174 1445 . C A 0.147157 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.36782;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,2:5:273:2:76:-2.52649,0,-12.4911 +phiX174 1448 . AAT CAG,ACG 0.00232643 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X1M1X,1M2X;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=3,2;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.06749;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=37,28;QR=295;RO=5;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=complex,mnp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,1,1:5:295:1,1:37,28:-0.427453,0,-12.7061,-0.149485,-11.2312,-12.8431 +phiX174 1461 . A G 0.00599676 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:29:-0.849701,0,-9.96451 +phiX174 1464 . A C 0.00558612 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=202;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:202:1:28:-0.818874,0,-10.4629 +phiX174 1474 . T G 0.00105683 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.32091;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=322;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:322:1:27:-0.551476,0,-16.1852 +phiX174 1479 . G A 0.00105683 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.32091;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=388;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:388:1:27:-0.551476,0,-17.0079 +phiX174 1487 . T G 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=356;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:356:1:28:-0.216814,0,-17.4696 +phiX174 1496 . C G 0.000552509 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96953;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=496;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:496:1:30:-0.512823,0,-20.1736 +phiX174 1499 . A C 0.00956626 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.11696;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=302;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:302:1:32:-1.27455,0,-15.0655 +phiX174 1501 . A T 0.00445495 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.88178;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=272;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:272:1:28:-0.9424,0,-14.2621 +phiX174 1507 . T G 0.0237678 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.20525;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:34:-1.24454,0,-9.1554 +phiX174 1513 . T G 0.0376705 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.74309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=227;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:227:1:33:-1.64937,0,-10.9579 +phiX174 1516 . T G 0.00723267 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.39687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=243;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:243:1:33:-0.931146,0,-12.0198 +phiX174 1538 . C G 0.0472954 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.51466;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:28:-1.54446,0,-8.03555 +phiX174 1562 . A C 0.0178504 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:28:-1.1199,0,-9.1554 +phiX174 1577 . A C 0.0123232 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.8634;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=460;RO=7;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:460:2:60:-1.81064,0,-19.8257 +phiX174 1579 . T C 5.35953e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3026;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=494;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:494:1:35:0,-0.250538,-22.2144 +phiX174 1581 . T G 1.76946e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.7134;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=590;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:590:1:27:0,-0.953674,-28.989 +phiX174 1583 . G C 2.52847e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.659;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=718;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=3.0103;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:718:1:30:0,-1.53239,-33.8375 +phiX174 1591 . A C 1.82341e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.4286;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.2885;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=855;RO=14;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.49198;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:855:1:30:0,-2.13445,-40.8418 +phiX174 1598 . T C 8.42348e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.51363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.2308;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.7582;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=853;RO=13;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.17734;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:853:1:37:0,-1.74091,-37.7652 +phiX174 1599 . A C 3.45599e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.937;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.7143;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.6491;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=838;RO=14;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.63072;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:838:1:27:0,-1.85676,-38.1626 +phiX174 1601 . G T 2.38628e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.59409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.0195;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=865;RO=14;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.49198;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:865:1:48:0,-2.01761,-39.8465 +phiX174 1603 . T G 2.03924e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5715;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=772;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.73412;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:772:1:35:0,-0.625779,-32.2104 +phiX174 1605 . A G 2.65957e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.6085;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=700;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.73412;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:700:1:31:0,-1.51044,-33.5169 +phiX174 1606 . T A 2.38072e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7192;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=764;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=14.5915;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.73412;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:764:1:29:0,-1.55854,-33.9104 +phiX174 1610 . CA TC,CC 5.17993e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1M1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=2;ODDS=12.0298;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=30,30;QR=535;RO=8;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=20.3821;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:8,1,1:8:535:1,1:30,30:0,-0.566371,-22.1956,-0.566371,-20.6657,-22.1956 +phiX174 1618 . C A,G 6.12659e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.7765;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=51,32;QR=468;RO=8;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:8,1,1:8:468:1,1:51,32:0,-0.456363,-18.9828,-0.534058,-17.4115,-19.0536 +phiX174 1621 . A C,G 0.000199667 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=2;ODDS=10.6429;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,33;QR=416;RO=7;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:7,1,1:7:416:1,1:31,33:0,-0.247249,-16.8596,-0.213906,-15.2762,-16.8291 +phiX174 1631 . T G 0.00100612 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.3701;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=500;RO=8;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:500:2:68:-1.52818,0,-17.3788 +phiX174 1634 . TTCA GTCC,TGCA,TTAA 0.000242238 . AB=0,0,0;ABP=0,0,0;AC=0,0,0;AF=0,0,0;AN=2;AO=1,1,1;CIGAR=1X2M1X,1M1X2M,2M1X1M;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0,0;EPP=5.18177,5.18177,5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=4,1,1;MEANALT=3,3,3;MQM=25,25,25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=3;ODDS=10.5206;PAIRED=0,0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0,0;PQA=0,0,0;PQR=0;PRO=0;QA=40,25,25;QR=455;RO=7;RPL=0,1,1;RPP=5.18177,5.18177,5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1,0,0;RUN=1,1,1;SAF=0,0,1;SAP=5.18177,5.18177,5.18177;SAR=1,1,0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=complex,snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:7,1,1,1:7:455:1,1,1:40,25,25:0,-0.160809,-16.8044,-0.433329,-15.4347,-17.0658,-0.433329,-15.4347,-15.6965,-17.0658 +phiX174 1639 . G T 1.17205e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8227;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=531;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:531:1:29:0,-0.655449,-21.3623 +phiX174 1647 . A G,T 4.89632e-06 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=16.9077;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=2;ODDS=14.3514;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=36,68;QR=629;RO=10;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:10,1,1:10:629:1,1:36,68:0,-1.09277,-23.8648,-1.0597,-22.2204,-23.8347 +phiX174 1649 . C G 6.49798e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.6832;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.3636;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4126;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=759;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.78696;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:759:1:34:0,-0.388737,-26.1378 +phiX174 1660 . T C 2.76386e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.2674;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=595;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:595:1:27:0,-1.02324,-25.1864 +phiX174 1665 . CA GC,AA 0.0535071 . AB=0.0909091,0.181818;ABP=19.0002,12.6832;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,2;CIGAR=2X,1X1M;DP=11;DPB=11;DPRA=0,0;EPP=5.18177,7.35324;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.39073;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,65;QR=520;RO=8;RPL=1,1;RPP=5.18177,3.0103;RPPR=4.09604;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,3.0103;SAR=0,1;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:11:8,1,2:8:520:1,2:28,65:-2.65434,-3.29844,-22.9028,0,-18.1938,-19.3737 +phiX174 1668 . T A 1.17205e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8227;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=605;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:605:1:29:0,-0.655449,-23.6068 +phiX174 1671 . GA TG 1.15522e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.5455;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.1398;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=677;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:677:1:37:0,-1.13885,-28.9969 +phiX174 1674 . G T 2.8718e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5317;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=637;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=3.0103;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:637:1:33:0,-1.47709,-30.9879 +phiX174 1678 . A C 2.04149e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.873;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=797;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=3.73412;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:797:1:27:0,-1.6253,-33.631 +phiX174 1686 . A T 5.49632e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.2308;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.1852;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=854;RO=13;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.18621;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.51363;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:854:1:27:0,-1.92633,-38.0439 +phiX174 1691 . G T 7.16037e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.51363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.3077;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.9207;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=832;RO=13;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.17734;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.17734;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:832:1:31:0,-1.81147,-36.8127 +phiX174 1693 . T G 1.59923e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.7143;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.4197;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=823;RO=14;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=3.0103;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:823:1:28:0,-2.19143,-38.0826 +phiX174 1695 . AC CG 6.40964e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.3077;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0314;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=834;RO=13;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.17734;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.51363;SRR=8;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:834:1:29:0,-1.85957,-35.8804 +phiX174 1697 . A T 6.40964e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.51363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.3077;NS=1;NUMALT=1;ODDS=18.0314;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=795;RO=13;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.17734;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.51363;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:795:1:29:0,-1.85957,-35.9519 +phiX174 1700 . C A 7.73176e-08 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.17734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.3077;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.8439;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=828;RO=13;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.17734;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=4.51363;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:828:1:33:0,-1.77812,-36.8007 +phiX174 1701 . G C 2.65957e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.6085;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=796;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.73412;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:796:1:31:0,-1.51044,-33.5345 +phiX174 1704 . C G 2.38072e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7192;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=759;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:759:1:29:0,-1.55854,-33.475 +phiX174 1707 . T C 2.38259e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.1133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=638;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:638:1:34:0,-0.087707,-25.9635 +phiX174 1708 . ACT GCC,ACC 0.000263137 . AB=0.1,0.1;ABP=16.9077,16.9077;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X1M1X,2M1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=3,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.80297;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=30,37;QR=517;RO=8;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:10:8,1,1:8:517:1,1:30,37:-0.400743,-1.01801,-21.5305,0,-19.0716,-20.603 +phiX174 1715 . A C 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=463;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:463:1:27:0,-0.421181,-21.3139 +phiX174 1721 . T C 0.014837 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=241;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:241:1:28:-1.24343,0,-8.69189 +phiX174 1731 . G C 0.00362235 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.08877;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=330;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:330:1:27:-0.852506,0,-13.0022 +phiX174 1739 . G T 0.000450235 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.17424;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=354;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:354:1:27:-0.180879,0,-15.1172 +phiX174 1749 . T C 0.00015002 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2733;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=380;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:380:1:29:0,-0.0533891,-17.3999 +phiX174 1751 . G T 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=468;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:468:1:31:0,-0.00528687,-17.876 +phiX174 1755 . G C 5.21001e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=533;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:533:1:31:0,-0.00755338,-22.3552 +phiX174 1756 . A G 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=592;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:592:1:27:0,-0.722211,-24.4967 +phiX174 1760 . G T 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=516;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:516:1:28:0,-0.686276,-24.2663 +phiX174 1761 . ACC GCG 4.44642e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.792;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=613;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:613:1:44:0,-0.816746,-27.8536 +phiX174 1769 . T C 3.00228e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1847;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=599;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=10.8276;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:599:1:28:0,-0.987306,-26.8385 +phiX174 1772 . T C,G 0.0182559 . AB=0.1,0.2;ABP=16.9077,10.8276;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,2;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,3.0103;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,31;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.48067;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,59;QR=425;RO=7;RPL=0,1;RPP=5.18177,3.0103;RPPR=3.32051;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,7.35324;SAR=1,2;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:10:7,1,2:7:425:1,2:28,59:-1.97686,-1.90671,-19.5961,0,-15.8164,-17.3816 +phiX174 1774 . AG GA 2.43384e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9.5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=30;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=497;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:497:1:30:0,-0.593374,-22.3086 +phiX174 1781 . T G 1.16945e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.1275;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=609;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=19.0002;SRR=10;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:609:1:38:0,-1.13353,-29.4682 +phiX174 1786 . T G 7.94817e-05 . AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.9085;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=537;RO=10;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=6.48466;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=16.9077;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:537:2:59:-0.861483,0,-25.1364 +phiX174 1791 . G A 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=607;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:607:1:28:0,-0.686276,-23.6369 +phiX174 1793 . G A 3.22313e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1137;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=673;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=10.8276;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:673:1:29:0,-0.956479,-26.8995 +phiX174 1795 . T C 2.51266e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=16.9077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=650;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=10.8276;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:650:1:26:0,-1.06462,-26.892 +phiX174 1805 . T G 0.000128643 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.427;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=467;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:467:1:27:0,-0.120151,-18.09 +phiX174 1813 . T A 0.00167659 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.85936;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=330;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:330:1:28:-0.517844,0,-13.004 +phiX174 1825 . T G 0.0164357 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.57498;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:27:-1.08397,0,-9.1554 +phiX174 1847 . A C 0.0577845 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.31294;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=199;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:199:1:29:-1.63206,0,-9.15152 +phiX174 1853 . T G 0.0472857 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.51466;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:28:-1.54446,0,-9.1554 +phiX174 1862 . GC CA,GG 0.00276295 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.0397;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=44,39;QR=338;RO=5;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,1,1:5:338:1,1:44,39:-0.43952,0,-13.8369,-0.0114855,-12.2204,-13.8474 +phiX174 1867 . T G 0.000450235 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.17424;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=367;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:367:1:27:-0.180879,0,-15.9741 +phiX174 1890 . C A 0.0191887 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=153;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:153:1:29:-1.15073,0,-6.71171 +phiX174 1896 . A T 0.336783 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.09533;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=64;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:64:1:29:-1.75279,0,-3.09707 +phiX174 1909 . T G 5.59746 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.844008;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=30;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:30:1:35:-2.68555,0,-2.319 +phiX174 1913 . G C 0.0734217 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.07162;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=247;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:247:1:38:-1.94099,0,-11.7437 +phiX174 1919 . G T 0.0376705 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.74309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=284;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:33:-1.64937,0,-12.1842 +phiX174 1934 . A C 0.00140321 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.03739;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=329;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:329:1:26:-0.440527,0,-15.1544 +phiX174 1938 . A C 0.00159029 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.91221;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=382;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:382:1:29:-0.728973,0,-16.1876 +phiX174 1942 . T G 0.00387973 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0201;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=379;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:379:1:34:-1.11641,0,-16.9056 +phiX174 1945 . T G 1.01422 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.3354;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2:4:263:2:59:-3.25425,0,-11.8637 +phiX174 1954 . TGTT CGTG,TGTC 0.0279046 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X2M1X,3M1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=4,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.68483;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=40,33;QR=205;RO=3;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,1,1:3:205:1,1:40,33:-1.03626,0,-7.76948,-0.0502253,-6.20046,-7.81594 +phiX174 1970 . T A 0.0684082 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.32264;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=105;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:105:1:29:-1.45176,0,-4.93797 +phiX174 1994 . A C 0.402773 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.90939;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=71;RO=1;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:71:1:33:-1.83424,0,-3.09777 +phiX174 1999 . T G 0.0252325 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.14803;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:37:-1.26939,0,-6.9157 +phiX174 2010 . C A 0.0165069 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.57498;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=169;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:169:1:27:-1.08397,0,-6.71793 +phiX174 2016 . A C,T 0.0584242 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.55913;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,36;QR=213;RO=3;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,1,1:3:213:1,1:31,36:-1.52514,0,-6.65818,-0.535841,-5.05085,-7.15384 +phiX174 2018 . T A 0.00599675 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:29:-0.849701,0,-11.0744 +phiX174 2024 . A C 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=392;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:392:1:28:-0.216814,0,-16.0179 +phiX174 2026 . G C 0.000586538 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.90976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=402;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:402:1:31:-0.295743,0,-16.0397 +phiX174 2032 . T G 0.000209548 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.93909;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=402;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:402:1:71:-0.0917492,0,-18.9973 +phiX174 2043 . AG GA 0.000557627 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96031;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=361;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:361:1:30:-0.273789,0,-17.1196 +phiX174 2049 . A C 0.0113355 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.94706;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=285;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:285:1:33:-1.34834,0,-12.9476 +phiX174 2066 . C A 0.020351 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.36104;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=194;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:194:1:30:-1.17688,0,-8.03488 +phiX174 2084 . G C 0.024324 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=179;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:179:1:35:-1.25461,0,-8.87464 +phiX174 2087 . T G 0.161457 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.27349;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:35:-2.08349,0,-8.03555 +phiX174 2103 . G T 0.000128643 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.427;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=464;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:464:1:27:0,-0.120151,-20.1846 +phiX174 2104 . C G 0.000666834 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.78145;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=428;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:428:1:31:-0.594507,0,-18.9578 +phiX174 2106 . TC CA,TT 0.000979804 . AB=0.125,0.125;ABP=12.7819,12.7819;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1M1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.91359;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=41,27;QR=398;RO=6;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:8:6,1,1:6:398:1,1:41,27:-0.294079,-0.169427,-17.0312,0,-15.2525,-16.8763 +phiX174 2112 . T A 0.00015002 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2733;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=448;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:448:1:29:0,-0.0533891,-19.3572 +phiX174 2118 . A C 0.000849121 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.53976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=568;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:568:1:47:-0.949345,0,-22.1098 +phiX174 2152 . A C 0.00276803 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.35785;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=457;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:457:1:44:-1.21276,0,-21.1599 +phiX174 2171 . T C 0.0001554 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.238;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=551;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:551:1:30:-0.211793,0,-24.2918 +phiX174 2183 . T G 0.000865296 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.52089;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=519;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:519:1:48:-0.957541,0,-23.1827 +phiX174 2196 . A C 0.000129748 . AB=0.1;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.4185;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=576;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:576:1:37:-0.388713,0,-26.1236 +phiX174 2197 . G C 7.38945e-05 . AB=0.1;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.9814;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=608;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:608:1:33:-0.144222,0,-26.0745 +phiX174 2202 . TGCA CGCT 0.000206956 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.95153;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=435;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:435:1:44:-0.0863439,0,-21.2468 +phiX174 2216 . C A 0.00387973 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0201;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=373;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:373:1:34:-1.11641,0,-17.126 +phiX174 2217 . AG GC,CG 0.0070981 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1X1M;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=6.59073;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=33,33;QR=272;RO=5;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:7:5,1,1:5:272:1,1:33,33:-1.0688,-0.718226,-14.8608,0,-12.6302,-14.2024 +phiX174 2221 . T G 0.000666834 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.78145;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=483;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:483:1:31:-0.594507,0,-19.0729 +phiX174 2227 . T A 2.90184e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.9161;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=538;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:538:1:28:0,-0.26172,-25.2945 +phiX174 2230 . TGT GGG,GGT 0.000529535 . AB=0.111111,0.111111;ABP=14.8328,14.8328;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X1M1X,1X2M;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=3,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.24413;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=48,32;QR=428;RO=7;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:9:7,1,1:7:428:1,1:48,32:-0.393566,-0.582899,-20.1645,0,-17.9989,-19.6326 +phiX174 2233 . G T 0.000709662 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.71919;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=540;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=12.7819;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:540:1:42:-0.87142,0,-22.0211 +phiX174 2246 . A C 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=570;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:570:1:27:0,-0.722211,-25.1205 +phiX174 2249 . C T 3.55039e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7144;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=611;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:611:1:29:0,-0.174117,-24.221 +phiX174 2251 . G C 1.24478e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.7625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=558;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:558:1:30:0,-0.629301,-25.0833 +phiX174 2252 . C A 0.00203607 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.66505;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=441;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:441:1:39:-1.07935,0,-18.9816 +phiX174 2263 . C T 0.009767 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.09618;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=224;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:224:1:26:-1.06173,0,-11.0379 +phiX174 2265 . A G 0.0360824 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.78635;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=213;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:213:1:47:-1.85244,0,-12.6822 +phiX174 2274 . TGACT AGACG 0.00250404 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.45812;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49;QR=334;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:334:1:49:-0.6921,0,-12.9859 +phiX174 2285 . T G 0.0265938 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09257;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=265;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:265:1:31:-1.4976,0,-9.96372 +phiX174 2299 . T G 0.00698609 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.43158;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:32:-0.916069,0,-11.0744 +phiX174 2304 . T G 0.0191621 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=172;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:172:1:29:-1.15073,0,-8.42855 +phiX174 2315 . A C 0.0178506 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:28:-1.1199,0,-9.1554 +phiX174 2321 . T C 0.0535013 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.39362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:28:-1.42093,0,-6.12658 +phiX174 2364 . CGC GGG 0.413864 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.88093;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=71;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:71:1:34:-1.8466,0,-3.09777 +phiX174 2387 . G C 0.0666725 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.21188;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:31:-1.49986,0,-4.98674 +phiX174 2393 . T C 0.0617743 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.32264;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=71;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:71:1:29:-1.45176,0,-4.72713 +phiX174 2394 . C G 0.0634099 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.26243;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=138;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:138:1:30:-1.47791,0,-4.98672 +phiX174 2398 . T G 0.23138 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.90847;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=140;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:140:1:38:-2.24202,0,-6.88154 +phiX174 2404 . A T 0.0265939 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09257;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=241;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:241:1:31:-1.4976,0,-9.95764 +phiX174 2409 . T G 0.0191645 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=195;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:195:1:29:-1.15073,0,-8.03492 +phiX174 2426 . C A 0.0213995 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.31049;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:31:-1.19883,0,-9.1554 +phiX174 2444 . A T 0.00209701 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.63556;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=335;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:335:1:32:-0.615039,0,-15.1976 +phiX174 2445 . G T 0.00662547 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.48462;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=343;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:343:1:30:-1.11488,0,-14.109 +phiX174 2468 . C G 0.0492766 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.47636;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:27:-1.385,0,-6.12658 +phiX174 2476 . T G 0.0352561 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.80961;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=285;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:285:1:46:-1.84233,0,-12.972 +phiX174 2479 . G C 0.00167659 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.85936;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=332;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:332:1:28:-0.517844,0,-14.0788 +phiX174 2484 . T G 0.00387973 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=16.0391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0201;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=355;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:355:1:34:-1.11641,0,-15.9734 +phiX174 2491 . C G 0.000128643 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.427;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=471;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:471:1:27:0,-0.120151,-20.2899 +phiX174 2495 . C G 5.35953e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3026;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=500;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:500:1:35:0,-0.250538,-23.2111 +phiX174 2503 . GCT ACG 4.17189e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.8557;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=668;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:668:1:36:0,-0.844424,-29.0054 +phiX174 2512 . T A 0.00015002 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2733;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=456;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:456:1:29:0,-0.0533891,-20.164 +phiX174 2517 . G C 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=478;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:478:1:28:0,-0.084216,-19.1603 +phiX174 2518 . T C 0.000361401 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.39403;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=488;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:488:1:35:-0.578341,0,-20.9316 +phiX174 2527 . G C 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=562;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:562:1:28:0,-0.686276,-24.0896 +phiX174 2530 . A T 0.000174789 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=441;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:441:1:32:-0.0129789,0,-18.734 +phiX174 2537 . C T 0.000187557 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.05;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=454;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:454:1:31:-0.293477,0,-18.8965 +phiX174 2540 . T A 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=438;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:438:1:28:0,-0.084216,-18.5173 +phiX174 2543 . A T 0.00015002 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2733;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=461;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:461:1:29:0,-0.0533891,-19.0813 +phiX174 2544 . T G 0.000190558 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0341;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=378;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:378:1:35:-0.0504923,0,-17.6628 +phiX174 2557 . G T 0.0237683 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.20525;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=157;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:157:1:34:-1.24454,0,-8.80564 +phiX174 2579 . T G 0.0120628 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.88479;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=235;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:235:1:27:-1.15354,0,-10.5003 +phiX174 2598 . C T 0.000128643 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.427;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=482;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:482:1:27:0,-0.120151,-20.289 +phiX174 2608 . G T 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=331;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:331:1:29:-0.247641,0,-14.9536 +phiX174 2609 . T G 0.00129983 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.11392;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=370;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:370:1:28:-0.64137,0,-15.9925 +phiX174 2610 . T G 0.00330924 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.17921;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=332;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:332:1:33:-1.04731,0,-15.1229 +phiX174 2614 . T C 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=373;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:373:1:29:-0.247641,0,-17.0906 +phiX174 2620 . G T 0.00063334 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.83298;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=362;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:362:1:33:-0.329086,0,-15.4444 +phiX174 2622 . T C 0.000586538 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.90976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=349;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:349:1:31:-0.295743,0,-15.984 +phiX174 2625 . T G 8.49335e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8422;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=531;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:531:1:27:0,-0.0505838,-21.0187 +phiX174 2630 . T G 4.91602e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.389;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=474;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:474:1:32:0,-0.288051,-21.7659 +phiX174 2633 . C T 0.000206956 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.95153;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=444;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:444:1:44:-0.0863439,0,-18.9421 +phiX174 2634 . T A 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=329;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=16.0391;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:329:1:28:-0.216814,0,-16.261 +phiX174 2638 . G A 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=497;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:497:1:28:0,-0.084216,-20.2579 +phiX174 2657 . T A 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=396;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=16.0391;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:396:1:28:-0.216814,0,-17.1322 +phiX174 2658 . T G 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=544;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=20.3821;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:544:1:28:0,-0.385246,-23.5523 +phiX174 2672 . G T 6.23485e-05 . AB=0.1;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.1513;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=639;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:639:1:32:-0.0704349,0,-25.1419 +phiX174 2675 . T C 5.61334e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.2563;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=514;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=20.3821;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:514:1:38:0,-0.230443,-22.7987 +phiX174 2677 . G C 0.0001554 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.238;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=506;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:506:1:30:-0.211793,0,-22.0598 +phiX174 2678 . A C 0.000361401 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.39403;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=485;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:485:1:35:-0.578341,0,-21.7883 +phiX174 2680 . T C 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=496;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:496:1:27:0,-0.421181,-23.2654 +phiX174 2690 . T C 0.000104465 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.6352;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=478;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=20.3821;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:478:1:28:-0.0393102,0,-21.5018 +phiX174 2699 . C A 2.04855 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.517362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2:2:109:2:76:-3.4054,0,-5.58455 +phiX174 2713 . T G 0.00669873 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.47364;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=241;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:241:1:31:-0.897803,0,-9.08461 +phiX174 2722 . T G 1.01772 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.33197;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,2:3:150:2:67:-3.1308,0,-7.62253 +phiX174 2736 . T C 0.0557738 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.39362;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=109;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:109:1:28:-1.42093,0,-4.96663 +phiX174 2740 . C G 0.0223775 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.26843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:32:-1.2171,0,-6.9157 +phiX174 2757 . T G 0.0178541 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=197;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:197:1:28:-1.1199,0,-8.02934 +phiX174 2767 . GA TG 5.23662e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.3258;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=533;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=12.7819;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:533:1:34:0,-0.260613,-23.4458 +phiX174 2774 . T G 7.38945e-05 . AB=0.1;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.9814;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=523;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:523:1:33:-0.144222,0,-23.9405 +phiX174 2781 . T G 4.91602e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.389;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=521;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:521:1:32:0,-0.288051,-24.5361 +phiX174 2790 . T G 0.00362235 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.08877;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=335;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:335:1:27:-0.852506,0,-15.1976 +phiX174 2802 . GG CT 0.0635097 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.26243;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=110;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:110:1:30:-1.47791,0,-4.97069 +phiX174 2809 . A G 0.0786693 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.47636;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:27:-1.385,0,-3.84689 +phiX174 2814 . TT GG,GT 0.0199267 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1X1M;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.88841;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=30,25;QR=142;RO=3;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,1,1:3:142:1,1:30,25:-0.947846,0,-7.71285,-0.181342,-6.36205,-7.88059 +phiX174 2828 . T G 0.160629 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.27866;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=348;RO=6;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=4.45795;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:348:2:100:-3.34336,0,-13.6819 +phiX174 2833 . T G 0.0007054 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.72522;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=340;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:340:1:39:-0.375888,0,-15.3727 +phiX174 2834 . G C 0.0044953 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.87276;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=426;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:426:1:35:-1.1804,0,-14.9423 +phiX174 2839 . A G 0.00968039 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.10509;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=426;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:426:1:44:-1.51379,0,-14.9423 +phiX174 2845 . A G 0.0317389 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.91511;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=313;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=13.8677;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:313:1:43:-1.79651,0,-12.8958 +phiX174 2847 . CG GT 0.00723268 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.39687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=266;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:266:1:33:-0.931146,0,-11.0646 +phiX174 2890 . A G 0.0748678 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.06462;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:36:-1.56382,0,-6.12658 +phiX174 2895 . G C 0.0247849 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.16324;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:36:-1.26279,0,-9.1554 +phiX174 2902 . T C 0.000557627 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96031;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=400;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:400:1:30:-0.273789,0,-14.8839 +phiX174 2906 . TCCA CCCC,TCCC 0.000653516 . AB=0.125,0.125;ABP=12.7819,12.7819;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X2M1X,3M1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=4,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.30994;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=36,27;QR=383;RO=6;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,1,1:6:383:1,1:36,27:-0.121946,0,-15.7967,-0.178816,-14.3539,-15.9602 +phiX174 2910 . G A,C 0.00018539 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=2;ODDS=10.6338;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,33;QR=396;RO=7;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:7,1,1:7:396:1,1:28,33:0,-0.322232,-17.9605,-0.20996,-16.3791,-17.858 +phiX174 2915 . T C 3.00228e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1847;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=634;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=3.87889;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:634:1:28:0,-0.987306,-25.7904 +phiX174 2918 . A C 6.48803e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4141;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=557;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:557:1:27:0,-0.652644,-23.6181 +phiX174 2923 . G A 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=545;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:545:1:28:0,-0.686276,-22.1572 +phiX174 2933 . G T 0.000204434 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.96379;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=323;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:323:1:41:-0.0810195,0,-17.3923 +phiX174 2935 . T G 0.00330924 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.17921;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=390;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:390:1:33:-1.04731,0,-14.918 +phiX174 2936 . T G 0.00245258 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.47889;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=272;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:272:1:41:-0.68308,0,-12.8128 +phiX174 2945 . T G 0.023149 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.23372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=171;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:171:1:33:-1.23218,0,-8.00394 +phiX174 2968 . T G 0.0712237 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.10664;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=112;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:112:1:34:-1.54557,0,-5.98851 +phiX174 2983 . T G 1.55467 . AB=0.4;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.843116;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=150;RO=3;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,2:3:150:2:57:-3.34311,0,-7.61298 +phiX174 2995 . T G 0.0318062 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.91299;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=273;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:273:1:32:-1.57558,0,-9.96439 +phiX174 2997 . G C 0.00558612 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=212;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:212:1:28:-0.818874,0,-9.85913 +phiX174 3002 . C A 0.0238329 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.20525;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:34:-1.24454,0,-6.9157 +phiX174 3005 . TCA GCG 0.0204029 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.36104;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=197;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:197:1:30:-1.17688,0,-6.9153 +phiX174 3011 . AG GC,CG 0.0323682 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1X1M;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.29885;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=29,27;QR=202;RO=3;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:5:3,1,1:3:202:1,1:29,27:-1.20389,-0.303835,-8.05737,0,-6.28264,-7.77632 +phiX174 3018 . T C 0.0251754 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.14803;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=142;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:142:1:37:-1.26939,0,-7.66694 +phiX174 3035 . TGAT GGAG 0.00836105 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.25176;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=246;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:246:1:53:-0.994164,0,-10.9844 +phiX174 3047 . T A 0.00209701 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.63556;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=340;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=13.8677;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:340:1:32:-0.615039,0,-14.1089 +phiX174 3061 . C A 0.000557627 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96031;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=409;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:409:1:30:-0.273789,0,-17.1343 +phiX174 3067 . G T 0.000797994 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.60187;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=466;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:466:1:32:-0.672495,0,-19.0644 +phiX174 3071 . G T 0.0387059 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.71586;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=316;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:316:1:53:-1.88305,0,-14.0959 +phiX174 3098 . T A 0.00669858 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.47364;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=268;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:268:1:31:-0.897803,0,-12.1781 +phiX174 3102 . G A,C 0.00264726 . AB=0.125,0.125;ABP=12.7819,12.7819;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=7.53001;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=35,32;QR=426;RO=6;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,1,1:6:426:1,1:35,32:-0.894959,0,-15.7875,-0.866392,-14.223,-16.5796 +phiX174 3110 . T C 1.16857 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=1.17522;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=361;RO=6;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=3.0103;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:361:3:94:-4.02963,0,-16.4039 +phiX174 3113 . T A 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=552;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:552:1:28:0,-0.686276,-24.7194 +phiX174 3117 . A G 4.91602e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.389;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=568;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:568:1:32:0,-0.288051,-21.303 +phiX174 3125 . TG CT 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=400;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:400:1:31:0,-0.00528687,-17.8563 +phiX174 3127 . A C 0.00022445 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.87038;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=510;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:510:1:32:-0.371465,0,-19.9041 +phiX174 3133 . C G 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=573;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:573:1:27:0,-0.722211,-23.663 +phiX174 3154 . C A 0.00193347 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.71677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=341;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:341:1:30:-0.813853,0,-14.705 +phiX174 3155 . T G 5.42491 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.911202;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,2:5:299:2:75:-4.38484,0,-11.5688 +phiX174 3159 . GC TG 1.30932e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.712;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=610;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=9.04217;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:610:1:31:0,-0.607347,-24.6475 +phiX174 3166 . C A 1.00504e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9765;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=596;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=14.8328;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=9.04217;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:596:1:27:0,-0.722211,-23.5174 +phiX174 3170 . T A 7.5378e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.5667;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=636;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=19.0002;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=7.94546;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:636:1:27:0,-1.32427,-29.7351 +phiX174 3172 . AA TC 2.21759e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7902;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=763;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:763:1:28:0,-1.58937,-32.5364 +phiX174 3176 . A C,T 2.56104e-06 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,25;MQMR=32;NS=1;NUMALT=2;ODDS=14.3881;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=48,28;QR=675;RO=12;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:12,1,1:12:675:1,1:48,28:0,-0.546121,-30.2682,-1.88891,-28.7846,-31.487 +phiX174 3179 . T G 5.89438e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.8126;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=817;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:817:1:28:0,-1.16481,-32.1002 +phiX174 3180 . C T 2.95471e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.5032;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=797;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:797:1:34:0,-1.46473,-33.4804 +phiX174 3184 . AAGG CAGT,CAGG 1.06754e-06 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X2M1X,1X3M;DP=13;DPB=13;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=4,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=2;ODDS=15.6273;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=46,25;QR=696;RO=11;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=19.0002;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=8;SRP=7.94546;SRR=3;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:11,1,1:11:696:1,1:46,25:0,-1.3506,-31.219,-1.64751,-29.8512,-31.4887 +phiX174 3189 . A C 8.7684e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.4155;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=749;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=10;SRP=14.5915;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:749:1:30:0,-0.992327,-29.6644 +phiX174 3192 . TTGCA ATGCG 1.60524e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5082;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=564;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:564:1:42:0,-0.518853,-23.468 +phiX174 3205 . C G 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=391;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:391:1:29:-0.247641,0,-16.0118 +phiX174 3215 . T G 0.00787915 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.31118;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=257;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:257:1:37:-0.968359,0,-11.0694 +phiX174 3219 . GA TG,CA 0.0112355 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1X1M;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=2;ODDS=6.05208;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,37;QR=308;RO=5;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:7:5,1,1:5:308:1,1:31,37:-1.30274,-0.99606,-14.7468,0,-12.2907,-13.8337 +phiX174 3225 . T G 0.00179989 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.78837;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=342;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=13.8677;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:342:1:29:-0.548671,0,-15.21 +phiX174 3248 . T G 0.00599674 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=254;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:254:1:29:-0.849701,0,-12.0498 +phiX174 3251 . C G 0.0441347 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.58398;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=243;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:243:1:34:-1.71847,0,-10.354 +phiX174 3254 . G T 0.0845508 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.92942;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:31:-1.79863,0,-8.03555 +phiX174 3260 . C A 0.0711398 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.10664;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:34:-1.54557,0,-6.12658 +phiX174 3263 . T A 0.0223207 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.26843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:32:-1.2171,0,-8.03555 +phiX174 3270 . G A 0.000174789 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=496;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:496:1:32:-0.0129789,0,-21.2706 +phiX174 3292 . T C 2.17639e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5064;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=708;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=8;SRP=7.94546;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:708:1:28:0,-0.86378,-30.2822 +phiX174 3297 . G T 6.15948e-05 . AB=0.0909091;ABP=19.0002;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.1635;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=640;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=6.48466;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:640:1:45:-0.32479,0,-26.8243 +phiX174 3306 . CC AA 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=385;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:385:1:28:-0.216814,0,-14.9173 +phiX174 3311 . G T 0.00387973 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.0201;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=386;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:386:1:34:-1.11641,0,-12.581 +phiX174 3312 . C T 0.000450235 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.17424;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=326;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:326:1:27:-0.180879,0,-13.24 +phiX174 3317 . T C 0.00223374 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=27.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.57238;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=321;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:321:1:34:-0.642477,0,-10.7733 +phiX174 3319 . C T 0.000557627 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96031;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=340;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:340:1:30:-0.273789,0,-13.6731 +phiX174 3324 . G T 0.00251082 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.45541;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=311;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:311:1:54:-0.693275,0,-11.8993 +phiX174 3325 . A C 0.0705175 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.11232;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=284;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2:4:284:2:58:-2.65031,0,-9.66348 +phiX174 3334 . G T 0.000698497 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.73505;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=426;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:426:1:38:-0.371617,0,-17.142 +phiX174 3341 . T A 0.0116043 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.9236;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=365;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:365:1:71:-1.59262,0,-16.9706 +phiX174 3343 . C T 0.000651623 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.80452;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=390;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:390:1:34:-0.341447,0,-17.864 +phiX174 3345 . T G 0.00330924 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.17921;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=348;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:348:1:33:-1.04731,0,-17.3331 +phiX174 3370 . G T 0.0997828 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.7618;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:42:-2.07554,0,-12.1842 +phiX174 3378 . A G 0.0176097 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.50583;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=355;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:36:-1.53997,0,-14.1092 +phiX174 3393 . A T 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=430;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:430:1:28:0,-0.084216,-16.9233 +phiX174 3397 . AAA TAC 0.000159329 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2131;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=477;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:477:1:30:0,-0.0272409,-16.9089 +phiX174 3405 . C T 2.38072e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7192;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=771;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:771:1:29:0,-1.55854,-32.4885 +phiX174 3408 . G T 3.28429e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.9056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.3975;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=817;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:817:1:44:0,-1.41881,-32.3793 +phiX174 3413 . T G 0.00284067 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.33194;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=537;RO=9;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=8;SRP=14.8328;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:537:2:57:-1.59087,0,-22.4183 +phiX174 3414 . C A 3.00228e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1847;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=668;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=6.48466;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:668:1:28:0,-0.987306,-26.969 +phiX174 3417 . A C 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=556;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:556:1:28:0,-0.686276,-24.6854 +phiX174 3418 . A C 0.000937887 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.44033;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=526;RO=8;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:526:2:60:-1.49768,0,-21.0207 +phiX174 3423 . A G 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=467;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=18.2106;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:467:1:31:0,-0.00528687,-19.0721 +phiX174 3427 . C G 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=534;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:534:1:28:0,-0.385246,-23.3154 +phiX174 3454 . A G 0.0223761 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.26843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=162;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:162:1:32:-1.2171,0,-7.88024 +phiX174 3458 . T A 0.00243717 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.48519;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=279;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=13.8677;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:279:1:40:-0.680341,0,-12.1107 +phiX174 3460 . C T 0.00022445 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.87038;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=568;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=20.3821;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:568:1:32:-0.371465,0,-21.0149 +phiX174 3464 . C T 0.000689997 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.7473;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=426;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=16.0391;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:426:1:37:-0.366299,0,-16.0421 +phiX174 3469 . A C 0.000190558 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.7656;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0341;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=417;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=18.2106;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:417:1:35:-0.0504923,0,-18.583 +phiX174 3478 . C G 1.24478e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.7625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=559;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=22.5536;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:559:1:30:0,-0.629301,-25.1421 +phiX174 3485 . C T 3.97706e-05 . AB=0.0909091;ABP=19.0002;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6009;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=664;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=10;SRP=24.725;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:664:1:38:-0.134807,0,-26.5181 +phiX174 3490 . A C 0.00226584 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.5581;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=543;RO=9;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=9.04217;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=9;SRP=22.5536;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:543:2:66:-2.09471,0,-24.3433 +phiX174 3499 . A T 0.00362235 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.08877;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=266;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=13.8677;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:266:1:27:-0.852506,0,-12.5859 +phiX174 3501 . CA TG 0.00558623 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=263;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:263:1:28:-0.818874,0,-11.0666 +phiX174 3512 . A C 0.0214036 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.31049;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:31:-1.19883,0,-8.03555 +phiX174 3517 . A C 0.0251684 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.14803;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=9.52472;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:37:-1.26939,0,-8.03555 +phiX174 3519 . G C 0.0148322 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=250;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:250:1:28:-1.24343,0,-9.94002 +phiX174 3522 . A T 0.057411 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.32264;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:29:-1.45176,0,-6.12658 +phiX174 3540 . A G 0.0203469 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.36104;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=186;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:186:1:30:-1.17688,0,-9.08183 +phiX174 3570 . A C 0.0153931 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.64062;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=299;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:299:1:35:-1.48143,0,-14.0136 +phiX174 3572 . GGAAA TGAAT,GGACA 0.0305694 . AB=0.166667,0.166667;ABP=8.80089,8.80089;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,3M1X1M;DP=6;DPB=6;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.10247;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=45,35;QR=281;RO=4;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:6:4,1,1:4:281:1,1:45,35:-1.4933,-0.791918,-12.639,0,-10.2904,-11.9104 +phiX174 3579 . A C 0.00015002 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2733;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=455;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:455:1:29:0,-0.0533891,-21.2694 +phiX174 3582 . A C 0.000301978 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.57367;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=476;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:476:1:27:-0.250446,0,-20.1544 +phiX174 3588 . T C 0.00154347 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.9421;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=325;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:325:1:27:-0.481909,0,-15.0793 +phiX174 3592 . A T 0.00544999 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68007;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=355;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:29:-1.03,0,-14.1092 +phiX174 3600 . C G 0.0115858 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.92519;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=325;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:325:1:64:-1.59192,0,-16.0138 +phiX174 3615 . A C 0.0441346 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.58398;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=224;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:224:1:34:-1.71847,0,-11.7132 +phiX174 3616 . T C 0.0120628 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.88479;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=217;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:217:1:27:-1.15354,0,-11.5696 +phiX174 3636 . GC TA 0.00250898 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.45614;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=291;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:291:1:52:-0.692957,0,-15.1767 +phiX174 3662 . C A 0.139773 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.42083;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=175;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:175:1:34:-2.0195,0,-7.5266 +phiX174 3671 . A G 0.14078 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.41604;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:28:-1.84549,0,-6.12658 +phiX174 3697 . G A 0.00129983 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.11392;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=397;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:397:1:28:-0.64137,0,-17.0328 +phiX174 3716 . T C 0.00159029 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.91221;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=410;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:410:1:29:-0.728973,0,-17.1359 +phiX174 3729 . CA TC,TA 0.0158055 . AB=0.166667,0.166667;ABP=8.80089,8.80089;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1X1M;DP=6;DPB=6;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.89744;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=33,30;QR=238;RO=4;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:6:4,1,1:4:238:1,1:33,30:-1.14804,-0.484767,-12.0341,0,-10.021,-11.5881 +phiX174 3739 . G C 0.00599674 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=284;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:29:-0.849701,0,-12.1842 +phiX174 3757 . T C 0.00669858 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.47364;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:31:-0.897803,0,-12.1842 +phiX174 3778 . T G 0.00799526 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.29654;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=355;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:31:-1.19657,0,-14.1092 +phiX174 3784 . A C 1.55927e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.5373;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=495;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.04217;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:495:1:38:0,-0.531473,-22.6605 +phiX174 3787 . TCG GCC 1.17205e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8227;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=574;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:574:1:29:0,-0.655449,-23.59 +phiX174 3792 . A G 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=413;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:413:1:28:0,-0.385246,-20.0375 +phiX174 3794 . T G 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=365;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:365:1:27:0,-0.421181,-19.9863 +phiX174 3795 . G C 1.36557e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6699;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=567;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:567:1:32:0,-0.589081,-23.495 +phiX174 3805 . C G 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=501;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:501:1:28:0,-0.686276,-22.9909 +phiX174 3808 . G A,T 0.000672717 . AB=0.125,0.125;ABP=12.7819,12.7819;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.42058;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=32,30;QR=366;RO=6;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,1,1:6:366:1,1:32,30:-0.073898,0,-15.7137,-0.0402197,-14.1858,-15.7505 +phiX174 3810 . G C 0.000209548 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=18.2106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.93909;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=491;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:491:1:71:-0.0917492,0,-17.9792 +phiX174 3813 . G A 4.71355e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.431;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=481;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:481:1:31:0,-0.306317,-19.8144 +phiX174 3818 . T G 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=390;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:390:1:28:-0.216814,0,-15.6643 +phiX174 3880 . A C 0.00544999 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68007;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=273;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:273:1:29:-1.03,0,-14.4785 +phiX174 3884 . T G 0.000945755 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.43197;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=418;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:418:1:33:-0.746282,0,-20.9753 +phiX174 3890 . T C 0.000128643 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.427;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=429;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:429:1:27:0,-0.120151,-20.7594 +phiX174 3895 . G C,T 0.00513238 . AB=0.125,0.125;ABP=12.7819,12.7819;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=6.7961;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=30,44;QR=367;RO=6;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:8:6,1,1:6:367:1,1:30,44:-1.21369,-1.24001,-18.7115,0,-16.0548,-17.5778 +phiX174 3903 . T A 0.00193347 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.71677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=370;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:370:1:30:-0.813853,0,-16.7487 +phiX174 3914 . A C 0.000586538 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.90976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=382;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=16.0391;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:382:1:31:-0.295743,0,-16.1876 +phiX174 3921 . T C 0.0148322 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=245;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:245:1:28:-1.24343,0,-9.89165 +phiX174 3924 . G T 0.0231026 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.23372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:33:-1.23218,0,-9.1554 +phiX174 3958 . C T 0.00193347 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.71677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=381;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:381:1:30:-0.813853,0,-15.9693 +phiX174 3970 . GAG TAT 0.00247488 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.46983;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=306;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:306:1:43:-0.687012,0,-13.0002 +phiX174 3981 . A T 0.0191647 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=170;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:170:1:29:-1.15073,0,-8.01792 +phiX174 3988 . G C 0.084765 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.92942;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=193;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:193:1:31:-1.79863,0,-6.91469 +phiX174 3991 . C T 0.0231071 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.23372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=188;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:188:1:33:-1.23218,0,-8.0342 +phiX174 3993 . TA GG 0.339296 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.0816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=55;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:55:1:29:-1.75279,0,-3.09111 +phiX174 3995 . T G 0.080061 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.02734;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:39:-1.58001,0,-4.98674 +phiX174 3997 . A G 0.0238331 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.20525;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=193;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:193:1:34:-1.24454,0,-6.91469 +phiX174 4004 . T G 0.00599737 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=221;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:221:1:29:-0.849701,0,-8.83925 +phiX174 4014 . G A 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=544;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:544:1:28:0,-0.385246,-19.208 +phiX174 4016 . TG GT,TC 0.000174458 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1M1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=28.4286;NS=1;NUMALT=2;ODDS=10.8155;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=29,29;QR=383;RO=7;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=10.7656;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:7,1,1:7:383:1,1:29,29:0,-0.288874,-15.179,-0.288874,-13.6665,-15.179 +phiX174 4019 . T G 4.71355e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.431;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=424;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:424:1:31:0,-0.306317,-17.2251 +phiX174 4021 . A C 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=444;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:444:1:28:0,-0.385246,-17.2471 +phiX174 4022 . T C 5.88639e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.2088;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=456;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:456:1:54:0,-0.209815,-17.3539 +phiX174 4025 . T A 4.48119e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.4816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=512;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:512:1:30:0,-0.328271,-18.0329 +phiX174 4031 . T G 0.0784807 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=27;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.00441;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=322;RO=6;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=8.80089;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:322:2:85:-3.02817,0,-11.6802 +phiX174 4040 . C T 0.00191157 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.72817;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=312;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=13.8677;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:312:1:30:-0.574819,0,-11.8982 +phiX174 4041 . G A 0.00956633 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=27.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.11696;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=244;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=13.8677;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:244:1:32:-1.27455,0,-10.6475 +phiX174 4042 . A C 0.0270411 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.09695;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=170;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:170:1:45:-1.29157,0,-6.02787 +phiX174 4069 . G A 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=369;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:369:1:28:-0.216814,0,-16.7045 +phiX174 4070 . T G 0.000450235 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.17424;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=422;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=8.80089;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:422:1:27:-0.180879,0,-17.142 +phiX174 4072 . G A 0.000127813 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.4335;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=543;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:543:1:29:-0.126913,0,-22.1066 +phiX174 4077 . T C,G 0.000314237 . AB=0.1,0.1;ABP=16.9077,16.9077;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.60921;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=39,30;QR=548;RO=8;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=12.7819;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,1,1:8:548:1,1:39,30:-0.484892,0,-22.9438,-1.10659,-21.4159,-23.952 +phiX174 4082 . T G 0.000301978 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.57367;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=430;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:430:1:27:-0.250446,0,-18.8527 +phiX174 4084 . TT GC,TC 0.000195675 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=2X,1M1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=2,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=2;ODDS=10.5883;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=29,35;QR=458;RO=7;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=1;SRP=10.7656;SRR=6;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:7,1,1:7:458:1,1:29,35:0,-0.294068,-20.0144,-0.190187,-18.4166,-19.9196 +phiX174 4092 . TCCCC ACCCG,TCCAC 0.000266706 . AB=0.1,0.1;ABP=16.9077,16.9077;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,3M1X1M;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.81663;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=56,37;QR=495;RO=8;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:10:8,1,1:8:495:1,1:56,37:-0.39481,-0.899357,-20.4755,0,-18.0151,-19.6561 +phiX174 4100 . G C 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=543;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=20.3821;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:543:1:28:0,-0.385246,-21.3998 +phiX174 4109 . C A 5.71367e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.2386;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=538;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:538:1:40:0,-0.222749,-21.2075 +phiX174 4112 . T G 4.48119e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.4816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=524;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:524:1:30:0,-0.328271,-21.3343 +phiX174 4116 . C A 0.00019714 . AB=0.1;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0001;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=571;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=14.8328;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:571:1:42:-0.57039,0,-22.8788 +phiX174 4121 . G C 3.88797e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.9262;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=679;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=16.9077;SRR=9;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:679:1:33:0,-0.875034,-28.8881 +phiX174 4143 . G C 0.000371421 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.36669;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=497;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:497:1:28:-0.34034,0,-20.1737 +phiX174 4184 . T A 4.31673e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.519;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=607;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=9.04217;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:607:1:30:0,-0.0892374,-27.3288 +phiX174 4203 . G T 0.000778687 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=12.7819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.62636;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=509;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:509:1:44:-0.911735,0,-24.1332 +phiX174 4219 . C G 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=470;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:470:1:27:0,-0.421181,-21.9518 +phiX174 4222 . C A 0.000187557 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.05;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=532;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:532:1:31:-0.293477,0,-20.9773 +phiX174 4225 . AC CA 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=489;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:489:1:27:0,-0.421181,-21.986 +phiX174 4228 . TTCGT GTCGA 0.00071909 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X3M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=5;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.70599;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=355;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:355:1:42:-0.384237,0,-16.0237 +phiX174 4237 . A G 0.000159329 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2131;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=363;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:363:1:30:0,-0.0272409,-17.0518 +phiX174 4260 . T C 3.50019 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.181741;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=28;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:28:1:31:-1.80089,0,-1.72196 +phiX174 4262 . A C 2.64794 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=0.222667;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=56;RO=1;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:56:1:31:-1.80089,0,-1.8976 +phiX174 4269 . G C 0.0238348 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.20525;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=160;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:160:1:34:-1.24454,0,-6.90367 +phiX174 4270 . A G 0.0192182 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=169;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:169:1:29:-1.15073,0,-6.87714 +phiX174 4271 . A C 0.0231706 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.23372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=178;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:178:1:33:-1.23218,0,-6.88482 +phiX174 4284 . T G 0.00669862 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.47364;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=242;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:242:1:31:-0.897803,0,-10.4295 +phiX174 4290 . G C 0.00167659 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.85936;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=327;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=13.8677;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:327:1:28:-0.517844,0,-12.9991 +phiX174 4294 . T C,G 0.00230764 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=2;ODDS=8.08193;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,36;QR=331;RO=5;RPL=1,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=0;SRP=13.8677;SRR=5;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:7:5,1,1:5:331:1,1:28,36:-0.421179,-0.142882,-13.9695,0,-12.3678,-13.8385 +phiX174 4299 . C A 0.000180964 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0857;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=413;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=18.2106;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:413:1:33:-0.028056,0,-17.51 +phiX174 4309 . T G 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=398;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=16.0391;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:398:1:29:-0.247641,0,-15.9531 +phiX174 4319 . T G 0.0395071 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.72164;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=163;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:163:1:27:-1.45457,0,-6.88451 +phiX174 4321 . T G 0.0214161 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.31049;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=174;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:174:1:31:-1.19883,0,-7.45773 +phiX174 4332 . CCCGA GCCGC,ACCGA 2.60875 . AB=0.333333,0.333333;ABP=3.73412,3.73412;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X3M1X,1X4M;DP=3;DPB=3;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=5,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=0.648944;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=35,37;QR=57;RO=1;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,1;SRF=0;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:3:1,1,1:1:57:1,1:35,37:-2.50407,-0.940281,-3.67917,0,-1.23695,-2.7859 +phiX174 4359 . G T 0.0191606 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.42125;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=205;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:205:1:29:-1.15073,0,-9.15454 +phiX174 4375 . TTA GTG,CTA 0.00722916 . AB=0.166667,0.166667;ABP=8.80089,8.80089;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X1M1X,1X2M;DP=6;DPB=6;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=3,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=6.80996;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=42,25;QR=231;RO=4;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,1,1:4:231:1,1:42,25:-0.751742,0,-11.6854,-0.29179,-10.3364,-11.9539 +phiX174 4389 . C G 0.00445495 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.88178;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=347;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:347:1:28:-0.9424,0,-14.1083 +phiX174 4393 . A C,G 0.00800403 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=2;ODDS=6.62668;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,33;QR=265;RO=5;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:7:5,1,1:5:265:1,1:28,33:-1.05319,-0.405941,-12.8846,0,-10.6479,-12.5124 +phiX174 4405 . A C 0.0642054 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.21188;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=109;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:109:1:31:-1.49986,0,-5.92491 +phiX174 4419 . G T 0.000731936 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.68829;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=426;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:426:1:52:-0.391927,0,-17.142 +phiX174 4427 . C G 0.0376706 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.74309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=241;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:241:1:33:-1.64937,0,-9.80174 +phiX174 4432 . A G 0.000611731 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.8677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=363;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:363:1:32:-0.314009,0,-16.2546 +phiX174 4434 . T A 0.000450235 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.17424;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=351;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:351:1:27:-0.180879,0,-17.1166 +phiX174 4439 . T A 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=497;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:497:1:28:0,-0.084216,-19.1609 +phiX174 4444 . C A 0.000203149 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.9701;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=406;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:406:1:40:-0.0782813,0,-17.8791 +phiX174 4447 . AA CC 4.48119e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.4816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=511;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=12.7819;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:511:1:30:0,-0.328271,-22.3805 +phiX174 4458 . A C 3.23756e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=30.4545;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1092;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=706;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:706:1:30:0,-0.691297,-26.5774 +phiX174 4459 . T G 9.81994e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.5455;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.3022;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=664;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:664:1:31:0,-1.20941,-28.0518 +phiX174 4462 . A G 8.79036e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.5455;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.413;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=714;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:714:1:29:0,-1.25751,-29.0965 +phiX174 4465 . A G 2.17639e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=30.4545;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5064;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=634;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=12.6832;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:634:1:28:0,-0.86378,-27.4478 +phiX174 4470 . T G 1.41381e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6352;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=513;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=14.8328;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:513:1:33:0,-0.574004,-21.9322 +phiX174 4475 . A G 4.48119e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.4816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=492;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=12.7819;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=12.7819;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:492:1:30:0,-0.328271,-20.1296 +phiX174 4476 . A C,G 0.000188142 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=2;ODDS=10.6068;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=34,28;QR=457;RO=7;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=10.7656;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:7,1,1:7:457:1,1:34,28:0,-0.198217,-17.8462,-0.32285,-16.3672,-17.9599 +phiX174 4478 . A G 0.000371421 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=30.1429;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.36669;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=387;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=10.7656;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:387:1:28:-0.34034,0,-16.3511 +phiX174 4486 . A C,G 0.0673783 . AB=0.25,0.25;ABP=5.18177,5.18177;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.92875;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,28;QR=142;RO=2;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,1,1:2:142:1,1:28,28:-1.18853,0,-4.72847,0,-3.26477,-4.72847 +phiX174 4497 . A G 0.00558612 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=249;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:249:1:28:-0.818874,0,-10.7472 +phiX174 4502 . A C 0.232919 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.89868;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2:4:284:2:55:-2.57533,0,-11.8832 +phiX174 4518 . A T 4.71355e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.431;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=454;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:454:1:31:0,-0.306317,-22.3741 +phiX174 4523 . T C 0.0001554 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.238;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=545;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:545:1:30:-0.211793,0,-22.0796 +phiX174 4531 . TGA GGC 0.00063334 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X1M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=3;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.83298;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=347;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:347:1:33:-0.329086,0,-15.7843 +phiX174 4540 . C A,T 0.0069541 . AB=0.166667,0.166667;ABP=8.80089,8.80089;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=2;ODDS=7.06588;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=28,30;QR=247;RO=4;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=11.6962;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:6:4,1,1:4:247:1,1:28,30:-0.640598,-0.0569751,-10.8256,0,-9.30491,-10.7732 +phiX174 4541 . A C 0.0396578 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.69145;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=220;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:220:1:71:-1.89365,0,-11.5071 +phiX174 4554 . C T 0.0318598 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.91299;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=180;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=11.6962;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:180:1:32:-1.57558,0,-7.63142 +phiX174 4557 . G C 0.00191157 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=27.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.72817;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=269;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:269:1:30:-0.574819,0,-10.6765 +phiX174 4558 . C G 0.076247 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.03372;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=204;RO=4;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=11.6962;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2:4:204:2:59:-2.68445,0,-8.4362 +phiX174 4561 . A T 0.00167659 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=27.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.85936;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=268;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:268:1:28:-0.517844,0,-10.5944 +phiX174 4568 . G A 0.00599676 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=256;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:256:1:29:-0.849701,0,-9.95821 +phiX174 4569 . T G 0.0148327 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=28;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=224;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:224:1:28:-1.24343,0,-8.83481 +phiX174 4574 . C G 0.00558612 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:28:-0.818874,0,-9.96451 +phiX174 4578 . T C 0.00744133 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.36841;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=232;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:232:1:34:-0.943507,0,-9.90176 +phiX174 4586 . T A 0.0223658 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.26843;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=186;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:186:1:32:-1.2171,0,-7.96198 +phiX174 4599 . G C 0.35654 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.03671;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=71;RO=1;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:71:1:30:-1.77894,0,-3.09777 +phiX174 4604 . C A 0.458785 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.77262;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=71;RO=1;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:2:1,1:1:71:1:45:-1.89363,0,-3.09777 +phiX174 4633 . A G 0.308703 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.65123;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=142;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:32:-2.17764,0,-4.98674 +phiX174 4637 . T G 0.0164364 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.57498;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=136;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:136:1:27:-1.08397,0,-8.58394 +phiX174 4648 . A G 0.000729746 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=8.80089;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.69128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=426;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=8.80089;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=0;SRP=16.0391;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:426:1:48:-0.390626,0,-17.142 +phiX174 4655 . T G 0.399408 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.33999;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=193;RO=4;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:4,2:4:193:2:70:-2.81796,0,-11.1489 +phiX174 4675 . T G 0.0113355 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.94706;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=355;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=6.91895;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:355:1:33:-1.34834,0,-14.1092 +phiX174 4684 . A G 0.000311892 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.54137;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=472;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:472:1:34:-0.514353,0,-22.0489 +phiX174 4687 . G C 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=494;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:494:1:27:0,-0.421181,-23.054 +phiX174 4688 . T C 4.91602e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.389;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=459;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=12.7819;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:459:1:32:0,-0.288051,-22.8233 +phiX174 4692 . A G 2.03211e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.2724;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=627;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:627:1:33:0,-0.156808,-27.1003 +phiX174 4700 . T G 1.06036e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.2255;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=634;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.20771;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:634:1:33:0,-1.17606,-30.9325 +phiX174 4702 . A C 3.60064e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.003;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=593;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:593:1:31:0,-0.908377,-28.7392 +phiX174 4704 . T C 0.000171782 . AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1378;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=621;RO=10;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.87889;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:621:2:58:-1.1962,0,-26.2058 +phiX174 4706 . A C 7.5295e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.94546;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.6364;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.2652;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=700;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.20771;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.78696;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:700:1:35:0,-0.324749,-29.1497 +phiX174 4714 . A C 5.89319e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.2077;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=447;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:447:1:65:0,-0.209313,-22.8654 +phiX174 4720 . A C 0.0395949 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.69305;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=266;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.91895;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:266:1:64:-1.89295,0,-12.0083 +phiX174 4723 . A C 0.00248916 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.46407;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=286;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=13.8677;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.44459;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:286:1:45:-0.689512,0,-14.0716 +phiX174 4727 . T G 0.0164357 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.57498;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:27:-1.08397,0,-9.1554 +phiX174 4744 . A G 0.017855 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.49223;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=152;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:152:1:28:-1.1199,0,-7.93739 +phiX174 4748 . T G 0.0148327 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.67781;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=224;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:224:1:28:-1.24343,0,-9.5807 +phiX174 4757 . TG GT 0.000132268 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8.5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3992;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=1;QA=32;QR=360;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:360:1:32:0,-0.108082,-18.7228 +phiX174 4759 . G C,T 5.42103e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.9843;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,31;QR=506;RO=8;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=3;SRP=4.09604;SRR=5;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:8,1,1:8:506:1,1:31,31:0,-0.546612,-21.9078,-0.546612,-20.3576,-21.9078 +phiX174 4760 . C G 1.30932e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=14.8328;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.712;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=532;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:532:1:31:0,-0.607347,-24.4052 +phiX174 4766 . T G 2.76386e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.2674;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=620;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:620:1:27:0,-1.02324,-27.234 +phiX174 4770 . T G 6.48803e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4141;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=626;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=10.8276;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:626:1:27:0,-0.652644,-26.9677 +phiX174 4771 . T C,G 3.90204e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.7694;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=27,32;QR=541;RO=9;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:9,1,1:9:541:1,1:27,32:0,-0.990652,-24.5937,-0.198006,-22.4251,-23.8724 +phiX174 4776 . G T 1.1871e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.81;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=636;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=10.8276;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:636:1:30:0,-0.390267,-26.5637 +phiX174 4780 . T G 1.24478e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.04217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.7625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=465;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=9.04217;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:465:1:30:0,-0.629301,-24.2491 +phiX174 4792 . G C 3.42315e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.4;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.0535;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=671;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:671:1:30:0,-0.930331,-28.0015 +phiX174 4796 . A C 3.28929e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7908;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=541;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:541:1:26:0,-0.462563,-22.5254 +phiX174 4799 . T G 8.49335e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8422;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=505;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:505:1:27:0,-0.0505838,-20.7014 +phiX174 4800 . C T 8.49335e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8422;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=492;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.0103;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:492:1:27:0,-0.0505838,-19.966 +phiX174 4805 . A C 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=444;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:444:1:31:0,-0.00528687,-19.0416 +phiX174 4806 . G C 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=396;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:396:1:29:-0.247641,0,-17.1295 +phiX174 4816 . A C 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=427;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=3.32051;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:427:1:28:0,-0.084216,-20.0602 +phiX174 4831 . G T 0.00956626 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.11696;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=347;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:347:1:32:-1.27455,0,-14.1091 +phiX174 4838 . A C 0.00514353 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.73798;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=396;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:396:1:36:-1.23894,0,-17.1371 +phiX174 4843 . A C 0.0113355 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.94706;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=249;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:249:1:33:-1.34834,0,-13.0011 +phiX174 4845 . C G 0.00167659 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.85936;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=281;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:281:1:28:-0.517844,0,-14.1757 +phiX174 4852 . A C 0.00279234 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.34911;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=306;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:306:1:32:-0.973525,0,-14.1119 +phiX174 4854 . T C 0.00016759 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=402;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.32051;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:402:1:31:0,-0.00528687,-16.4056 +phiX174 4858 . A C 0.000611731 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.8677;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=328;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=4.45795;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:328:1:32:-0.314009,0,-15.6288 +phiX174 4863 . T A 1.45462e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6067;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=569;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=3.25157;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:569:1:34:0,-0.561643,-23.1175 +phiX174 4867 . A C 3.60064e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.003;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=581;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:581:1:31:0,-0.908377,-24.5558 +phiX174 4871 . T G 6.48803e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4141;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=467;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:467:1:27:0,-0.652644,-23.7786 +phiX174 4872 . ACGT CCGG,ACTT 5.21804e-05 . AB=0,0;ABP=0,0;AC=0,0;AF=0,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X2M1X,2M1X1M;DP=11;DPB=11;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=4,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=30.3333;NS=1;NUMALT=2;ODDS=11.4701;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=31,34;QR=478;RO=9;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=4;SRP=3.25157;SRR=5;TYPE=complex,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:9,1,1:9:478:1,1:31,34:0,-0.888676,-22.1994,-0.0680058,-19.898,-21.4526 +phiX174 4876 . G A 3.75531e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.9609;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=553;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:553:1:32:0,-0.890111,-25.367 +phiX174 4878 . C A 3.88797e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.9262;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=650;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:650:1:33:0,-0.875034,-25.7339 +phiX174 4881 . T C 3.60064e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.003;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=647;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=6.48466;SRR=7;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:647:1:31:0,-0.908377,-25.3028 +phiX174 4888 . AC CG 9.81994e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.3022;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=662;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=7.94546;SRR=8;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:662:1:31:0,-1.20941,-31.2474 +phiX174 4893 . A C 2.21759e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.7902;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=774;RO=12;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=5.9056;SRR=8;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:774:1:28:0,-1.58937,-34.5811 +phiX174 4896 . CC GG 3.22313e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1137;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=693;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=10.8276;SRR=8;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:693:1:29:0,-0.956479,-29.1222 +phiX174 4902 . G A 0.000186188 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0573;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=475;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:475:1:34:-0.0404168,0,-21.2641 +phiX174 4919 . G C 9.76359e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.0054;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=641;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:641:1:29:0,-0.475147,-28.1568 +phiX174 4931 . A G 8.49335e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8422;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=555;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:555:1:27:0,-0.0505838,-22.1584 +phiX174 4943 . G T 2.52847e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=36;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.659;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=767;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=9;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:767:1:30:0,-1.53239,-36.3594 +phiX174 4949 . G T 1.22691e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.0796;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=698;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=7.94546;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:698:1:56:0,-1.1127,-32.2784 +phiX174 4950 . C A 5.54213e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.20771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.8182;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.5717;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=651;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.78696;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=8;SRP=7.94546;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:651:1:33:0,-0.457838,-31.2576 +phiX174 4951 . CTGT GTGA 2.10538e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=11;DPB=11.75;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.5396;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=68;PRO=1;QA=38;QR=631;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=6.48466;SRR=3;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:631:1:38:0,-1.14143,-29.9041 +phiX174 4955 . T G 1.43276e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6219;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=670;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=6.48466;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:670:1:31:0,-0.308583,-28.3934 +phiX174 4957 . A C,G 0.000555642 . AB=0.1,0.1;ABP=16.9077,16.9077;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=20.3821;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.36832;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=46,36;QR=512;RO=8;RPL=0,0;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.09604;RPR=1,1;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=5;SRP=4.09604;SRR=3;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,1,1:8:512:1,1:46,36:-0.58951,0,-21.5764,-0.302366,-19.1672,-21.8519 +phiX174 4958 . T G 3.61813e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6955;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=536;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:536:1:27:0,-0.421181,-23.4321 +phiX174 4966 . G A 4.31673e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=14.8328;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.519;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=582;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:582:1:30:0,-0.0892374,-25.978 +phiX174 4968 . G C 3.55039e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.7144;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=606;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=14.8328;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:606:1:29:0,-0.174117,-26.1781 +phiX174 4974 . C G,T 0.000617506 . AB=0.125,0.125;ABP=12.7819,12.7819;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=9.40988;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=27,32;QR=408;RO=6;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=3;SRP=3.0103;SRR=3;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:8:6,1,1:6:408:1,1:27,32:-0.0785435,-0.13313,-18.1049,0,-16.5461,-17.9832 +phiX174 4982 . T G 0.00723269 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.39687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=216;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=11.6962;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:216:1:33:-0.931146,0,-10.7716 +phiX174 5015 . T G 0.000552509 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.96953;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=452;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:452:1:30:-0.512823,0,-20.1519 +phiX174 5021 . C A 0.000361401 . AB=0.111111;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.39403;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=483;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:483:1:35:-0.578341,0,-22.062 +phiX174 5023 . T C 3.00228e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.48466;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1847;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=638;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=4;SRP=3.87889;SRR=6;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:638:1:28:0,-0.987306,-30.3704 +phiX174 5031 . A T 4.37538e-05 . AB=0.0909091;ABP=19.0002;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.87889;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=35.8;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5055;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=676;RO=10;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=6.48466;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=3.0103;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:676:1:39:-0.176261,0,-29.2495 +phiX174 5034 . T G 7.98007e-06 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=10.8276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34.6;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.2071;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=627;RO=10;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.87889;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=3.87889;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:627:1:28:0,-0.56275,-27.8419 +phiX174 5037 . G C 9.33587e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.94546;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.9091;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.3528;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=746;RO=11;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=4.78696;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:746:1:30:0,-1.23136,-33.205 +phiX174 5047 . T C 1.08466e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.78696;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=33.7273;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.9002;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=723;RO=11;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.94546;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=4.78696;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:723:1:38:0,-0.166223,-29.3296 +phiX174 5053 . C G 8.7684e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.4155;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=818;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=5.9056;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:818:1:30:0,-0.992327,-33.8643 +phiX174 5056 . A C 8.7684e-07 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.4155;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=711;RO=12;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=8;SRP=5.9056;SRR=4;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:711:1:30:0,-0.992327,-32.7736 +phiX174 5059 . G T 1.41381e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.25157;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.6352;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=570;RO=9;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:570:1:33:0,-0.574004,-25.5822 +phiX174 5060 . T A 1.24478e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34.3333;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.7625;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=502;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.25157;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=6;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:502:1:30:0,-0.629301,-25.5057 +phiX174 5064 . G T 0.000186188 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0573;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=454;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:454:1:34:-0.0404168,0,-18.207 +phiX174 5068 . C T 0.00362235 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.08877;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=352;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=3.44459;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:352:1:27:-0.852506,0,-13.0052 +phiX174 5075 . A C,G 0.0252168 . AB=0.2,0.2;ABP=6.91895,6.91895;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.71836;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=36,29;QR=213;RO=3;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:3,1,1:3:213:1,1:36,29:-1.0217,0,-8.88629,-0.112055,-7.40261,-8.98994 +phiX174 5081 . C G 0.0243288 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=213;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:35:-1.25461,0,-8.03555 +phiX174 5097 . AA TC 0.0213998 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=2X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.73412;GTI=0;LEN=2;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.31049;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=180;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.73412;SRR=1;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:180:1:31:-1.19883,0,-8.91862 +phiX174 5111 . T G 0.000174789 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1205;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=446;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=10.7656;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:446:1:32:-0.0129789,0,-19.0403 +phiX174 5114 . C A 0.00013974 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33.5714;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.3443;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=458;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:458:1:28:0,-0.084216,-18.5949 +phiX174 5115 . A C 0.00110885 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.27286;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=403;RO=7;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:403:1:34:-0.815383,0,-17.8362 +phiX174 5119 . A G 0.000301978 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.80219;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31.8571;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.57367;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=409;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:409:1:27:-0.250446,0,-17.572 +phiX174 5123 . G T 4.48119e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.4816;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=568;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=7;SRP=12.7819;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:568:1:30:0,-0.328271,-23.5329 +phiX174 5129 . A G 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=531;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=12.7819;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:531:1:28:0,-0.385246,-23.4286 +phiX174 5132 . C T 8.49335e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8422;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=529;RO=8;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.09604;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=12.7819;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:529:1:27:0,-0.0505838,-22.0885 +phiX174 5137 . T C 1.09174e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.6667;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.8937;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=577;RO=9;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=9;SRP=22.5536;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:577:1:28:0,-0.686276,-26.858 +phiX174 5158 . A T 3.93024e-05 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.09604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.5;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.6128;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=477;RO=8;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=7;SRP=12.7819;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:8,1:8:477:1:28:0,-0.385246,-22.9299 +phiX174 5160 . A T 0.000586538 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.90976;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=302;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=6;SRP=16.0391;SRR=0;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:302:1:31:-0.295743,0,-16.1765 +phiX174 5163 . C A,T 0.0273758 . AB=0.142857,0.142857;ABP=10.7656,10.7656;AC=1,0;AF=0.5,0;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=37,37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.61323;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=47,40;QR=322;RO=5;RPL=1,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0,0;RUN=1,1;SAF=1,1;SAP=5.18177,5.18177;SAR=0,0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,1,1:5:322:1,1:47,40:-1.49332,0,-12.4255,-0.135021,-9.85039,-12.5492 +phiX174 5168 . A C 0.00330924 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.17921;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=372;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:372:1:33:-1.04731,0,-14.7809 +phiX174 5169 . A C 0.000489071 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=4.45795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.0915;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=387;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:387:1:28:-0.216814,0,-15.8475 +phiX174 5174 . A C 0.0221571 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=6.91895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.2756;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=353;RO=5;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:353:1:38:-1.63996,0,-13.0053 +phiX174 5175 . A G 0.0029324 . AB=0.166667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.44459;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=32.2;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.30015;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26;QR=254;RO=5;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.44459;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=6.91895;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:254:1:26:-0.760705,0,-12.5439 +phiX174 5188 . A G 0.0055861 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=249;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:249:1:28:-0.818874,0,-11.8571 +phiX174 5197 . T C 0.000710981 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.71734;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=388;RO=6;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=4.45795;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=8.80089;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:388:1:40:-0.379311,0,-16.6421 +phiX174 5198 . C A 0.000525046 . AB=0.142857;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.02052;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=349;RO=6;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=4;SRP=4.45795;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:349:1:29:-0.247641,0,-16.6165 +phiX174 5201 . A C 0.0376705 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.74309;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=282;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:282:1:33:-1.64937,0,-11.0743 +phiX174 5208 . A C 0.0441346 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.58398;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=284;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:34:-1.71847,0,-11.0744 +phiX174 5220 . G T 0.000159329 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=35.2857;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.2131;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30;QR=437;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.80219;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=5;SRP=5.80219;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:7,1:7:437:1:30:0,-0.0272409,-19.8676 +phiX174 5235 . A C 0.00669858 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.47364;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=284;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:31:-0.897803,0,-12.1842 +phiX174 5243 . A C 0.0120628 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.88479;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=252;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:252:1:27:-1.15354,0,-11.0587 +phiX174 5248 . A G 0.00599674 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.5844;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=266;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:266:1:29:-0.849701,0,-12.1744 +phiX174 5284 . G A 0.0055861 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.65538;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28;QR=284;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=3;SRP=5.18177;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:284:1:28:-0.818874,0,-11.0744 +phiX174 5292 . A C,T 0.140651 . AB=0.25,0.25;ABP=5.18177,5.18177;AC=0,1;AF=0,0.5;AN=2;AO=1,1;CIGAR=1X,1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0,0;EPP=5.18177,5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1,1;MEANALT=2,2;MQM=25,37;MQMR=31;NS=1;NUMALT=2;ODDS=3.81961;PAIRED=0,0;PAIREDR=0;PAO=0,0;PQA=0,0;PQR=0;PRO=0;QA=32,29;QR=142;RO=2;RPL=0,1;RPP=5.18177,5.18177;RPPR=3.0103;RPR=1,0;RUN=1,1;SAF=0,0;SAP=5.18177,5.18177;SAR=1,1;SRF=2;SRP=7.35324;SRR=0;TYPE=snp,snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/2:4:2,1,1:2:142:1,1:32,29:-1.67022,-0.414964,-5.10929,0,-3.16758,-4.72199 +phiX174 5299 . CCGA GCGT 0.0750282 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X2M1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=4;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=31;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.21188;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31;QR=142;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=complex GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:142:1:31:-1.49986,0,-4.98674 +phiX174 5311 . C G 0.0956717 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=25;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.32264;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=105;RO=2;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.0103;SRR=1;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:105:1:29:-1.45176,0,-3.79812 +phiX174 5322 . G A 0.0579422 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=29;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.31294;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29;QR=213;RO=3;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:213:1:29:-1.63206,0,-6.9157 +phiX174 5325 . A C 0.0164666 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=33;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.57498;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27;QR=188;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=9.52472;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:188:1:27:-1.08397,0,-8.03297 +phiX174 5328 . A G 0.00723269 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=34;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.39687;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=245;RO=4;RPL=0;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=3;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:245:1:33:-0.931146,0,-10.878 +phiX174 5350 . G C 0.000208511 . AB=0.125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.32051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.94405;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=425;RO=7;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.32051;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=5.80219;SRR=5;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:425:1:48:-0.0895958,0,-20.9905 +phiX174 5356 . C A 0.0734217 . AB=0.2;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.07162;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=222;RO=4;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=2;SRP=3.0103;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:5:4,1:4:222:1:38:-1.94099,0,-11.8534 +phiX174 5363 . A C 0.100972 . AB=0.25;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.74984;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=185;RO=3;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=3.73412;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:3,1:3:185:1:32:-1.87661,0,-9.06474 +phiX174 5374 . T C 0.362885 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=1;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=37;NS=1;NUMALT=1;ODDS=2.48133;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=104;RO=2;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=7.35324;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=0;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:3:2,1:2:104:1:33:-2.25143,0,-5.60854 From b46f99959a022a4515484eb1f0898c72a0bf6ff9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: =?UTF-8?q?Mert=20Ayd=C4=B1n?= <56894545+mertydn@users.noreply.github.com> Date: Mon, 30 Mar 2026 22:30:15 +0300 Subject: [PATCH 2/2] Update FreeBayes tool version and processing logic Updated FreeBayes tool version and modified processing options for joint analysis. --- tools/freebayes/freebayes.xml | 43 ++++++++++++++++++----------------- 1 file changed, 22 insertions(+), 21 deletions(-) diff --git a/tools/freebayes/freebayes.xml b/tools/freebayes/freebayes.xml index 0be61464dfc..6f014fa555a 100644 --- a/tools/freebayes/freebayes.xml +++ b/tools/freebayes/freebayes.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + bayesian genetic variant detector macros.xml @@ -46,26 +46,12 @@ ln -s '$options_type.optional_inputs.input_variant_type.input_variant_vcf.metadata.tabix_index' input_variant_vcf.vcf.gz.tbi && #end if - ##If custom_discovery mode is selected, run the script directly without splitting the genome and cut the script! - #if str( $options_type.options_type_selector ) == "custom_discovery": - freebayes - #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ): - --bam 'b_${bam_count}.${input_bam.ext}' - #end for - --fasta-reference '${reference_fasta_filename}' - -p $options_type.p_val - -C $options_type.c_val - -g $options_type.g_val - > '${output_vcf}' ; - exit \$? ; - #end if - ##if the user has specified a region or target file, just use that instead of calculating a set of unique regions #if str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) == "limit_by_target_file": ln -s '${target_limit_type.input_target_bed}' regions_all.bed && #elif str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) == "limit_by_region": printf '${target_limit_type.region_chromosome}\t${target_limit_type.region_start}\t${target_limit_type.region_end}' > regions_all.bed && - #else + #elif str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) == "do_not_limit": ##divide up the regions in the bam file for efficient processing #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ): samtools view -H b_${bam_count}.${input_bam.ext}| @@ -75,9 +61,12 @@ #end for #end if - sort -u regions_all.bed > regions_uniq.bed && - ## split into even small chunks, this has some disatvantages and will not be used for the moment - ## bedtools makewindows -b regions_uniq.bed -w 10000000 -s 9990000 > regions.bed && + ## If Joint processing is requested, bypass the bed splitting entirely + #if str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) != "do_not_limit_jointly": + sort -u regions_all.bed > regions_uniq.bed && + #else: + echo "all" > regions_uniq.bed && + #end if mkdir vcf_output failed_alleles trace && @@ -91,7 +80,9 @@ freebayes - --region '\$i' + #if str( $target_limit_type.target_limit_type_selector ) != "do_not_limit_jointly": + --region '\$i' + #end if #for $bam_count, $input_bam in enumerate( $input_bamfiles ): --bam 'b_${bam_count}.${input_bam.ext}' @@ -124,6 +115,10 @@ --pooled-continuous --report-monomorphic --standard-filters + #elif str( $options_type.options_type_selector ) == "custom_discovery": + -p $options_type.p_val + -C $options_type.c_val + -g $options_type.g_val #elif str( $options_type.options_type_selector ) == "full": #if str( $options_type.optional_inputs.optional_inputs_selector ) == 'set': ${options_type.optional_inputs.report_monomorphic} @@ -329,10 +324,12 @@ + + @@ -639,7 +636,7 @@ - + @@ -777,6 +774,7 @@ + @@ -867,6 +865,9 @@ + + +