From a379cadd56903bcc06fd5a1d9fb705befa02a230 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: xiaoliz0 Date: Tue, 9 Jun 2026 10:06:13 +0200 Subject: [PATCH 1/2] Update text contents in the remisse_draft based on the requests from bology group. GiHub issue 107, 109. --- Script/PRONTO.py | 6 ++++-- 1 file changed, 4 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/Script/PRONTO.py b/Script/PRONTO.py index 11ca11c..6498703 100755 --- a/Script/PRONTO.py +++ b/Script/PRONTO.py @@ -989,8 +989,10 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_ if_normal_sampleID = "):\n\n" if(RNA_sampleID != ""): if_RNA_sampleID = " og RNA " + Gen-fusjoner_line = "Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n" else: if_RNA_sampleID = " " + Gen-fusjoner_line = "RNA ikke analysert.\n" try: ipd_material_id_str = ipd_material_id.split(",") DNA_material_id = ipd_material_id_str[0].split(":")[1] @@ -1016,7 +1018,7 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_ text3 = pg2.add_run("Ingen kopitall av sikker klinisk betydning.\n") text3.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80) pg2.add_run("Gen-fusjoner: ") - text4 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n") + text4 = pg2.add_run(Gen-fusjoner_line) text4.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80) pg2.add_run("Somatiske punkt mutasjoner/insersjoner/delesjoner: ") text5 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n\n") @@ -1025,7 +1027,7 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_ pg2.add_run("(lim inn tekst under # i LVMS i vurderingsfeltet)\n") pg2.add_run("##########################################################\n\n") year = time.strftime("%Y", time.localtime()) - text6 = pg2.add_run("Funnene er diskutert med overlege XXXX på Mol-MDT-møtet XX.XX." + year + ".\n\nPasienten er diskutert på pre-Mol-MDT-møte XX.XX." + year +".Ettersom det ikke er funn som tilsier utprøvende behandlingsmulighet har man ikke kalt inn behandlende lege til Mol-MDT-møte. Ta kontakt dersom noe er uklart.\n\nKimbane funn som skal følges opp? XXXXXXX. HGVS nomenklatur:\nGEN:ENSTxxx:c.xxx>y:p.AxxxB\n\nDet var dessverre ikke tilstrekkelig mengde og/eller kvalitet av DNA/RNA til at sekvenseringsanalysen kunne gjennomføres.\n\n") + text6 = pg2.add_run("Funnene er diskutert med overlege XXXX på Mol-MDT-møtet XX.XX." + year + ".\n\nPasienten er diskutert på pre-Mol-MDT-møte XX.XX." + year +".Ettersom det ikke er funn som tilsier utprøvende behandlingsmulighet har man ikke kalt inn behandlende lege til Mol-MDT-møte. Ta kontakt dersom noe er uklart.\n\nVi påviser en variant i XX-genet hvor vi ikke kan avgjøre om denne er somatisk eller i kimbane.\n(gennavn): NM_xxxx: c.xxx: p.xxx: p.XxxxX.\n\nVi anbefaler å diskutere kimbanetesting med pasienten. Behandlende lege kan rekvirere kimbanetest (blodprøve) ved medisinsk genetisk laboratorium. Rekvisisjonen må inkludere detaljert informasjon om varianten (se over). Dersom varianten påvises i kimbane, kan pasientens henvises til genetisk veiledning.\n\nDet var dessverre ikke tilstrekkelig mengde og/eller kvalitet av DNA/RNA til at sekvenseringsanalysen kunne gjennomføres.\n\n") text6.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80) pg2.add_run("Kun funn med klinisk/diagnostisk betydning er rapportert, men se den vedlagte Mol-MDT-rapporten for utfyllende informasjon om testresultatet.\n\nFor teknisk beskrivelse og metodeprinsipp av analyse, vennligst se «TSO 500 genpanelanalyse (utvidet molekylæranalyse)» på nettsiden Metodebok.no under Helse Sør-Øst og OUS.") From 4aca72dc40fe4c5c88d6c039290e9580dc83d2cf Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: xiaoliz0 Date: Wed, 10 Jun 2026 09:57:24 +0200 Subject: [PATCH 2/2] Report the TMB from Illumnina in the remisse draft file instead of TMB in-house. --- Script/PRONTO.py | 16 +++++++++------- 1 file changed, 9 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/Script/PRONTO.py b/Script/PRONTO.py index 6498703..aff48d9 100755 --- a/Script/PRONTO.py +++ b/Script/PRONTO.py @@ -59,6 +59,7 @@ TMB_DRUP = "" str_TMB_DRUP = "" TMB_TSO500 = "" +TMB_TSO500_nr = 0 MSI_TSO500 = "" pipline = "" @@ -788,6 +789,7 @@ def update_ppt_variant_summary_table(data_nrows,DNA_sampleID,RNA_sampleID,TMB_DR DNA_summary_file = open(DNA_variant_summary_file) global str_TMB_DRUP global TMB_TSO500 + global TMB_TSO500_nr global MSI_TSO500 for line in DNA_summary_file: if(line.startswith(DNA_sampleID)): @@ -959,7 +961,7 @@ def update_ppt_variant_summary_table(data_nrows,DNA_sampleID,RNA_sampleID,TMB_DR return stable_text -def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,str_TMB_DRUP,TMB_DRUP,stable_text,sample_material,sample_type,sample_list,pipline): +def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,TMB_TSO500_nr,stable_text,sample_material,sample_type,sample_list,pipline): from docx import Document from docx.shared import Pt from docx.shared import RGBColor as docRGBColor @@ -989,10 +991,10 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_ if_normal_sampleID = "):\n\n" if(RNA_sampleID != ""): if_RNA_sampleID = " og RNA " - Gen-fusjoner_line = "Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n" + Gen_fusjoner_line = "Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n" else: if_RNA_sampleID = " " - Gen-fusjoner_line = "RNA ikke analysert.\n" + Gen_fusjoner_line = "RNA ikke analysert.\n" try: ipd_material_id_str = ipd_material_id.split(",") DNA_material_id = ipd_material_id_str[0].split(":")[1] @@ -1004,10 +1006,10 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_ except: ipd_material_id_remisse = ipd_material_id pg2.add_run("Utvidet genpanelanalyse, TSO500, DNA" + if_RNA_sampleID + "(ekstrahert fra " + extraction_hospital + ") " + ipd_material_id_remisse + ":\n\n") - if(str_TMB_DRUP == "NA"): + if(TMB_TSO500 == "NA"): TMB_string = "Upålitelig, ikke beregnet\n" else: - TMB_string = pronto.get_tmb_string(TMB_DRUP) + TMB_string = pronto.get_tmb_string(TMB_TSO500_nr) if(stable_text == "Unstable"): stable_text = "Ustabil" if(stable_text == "Stable"): @@ -1018,7 +1020,7 @@ def remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_ text3 = pg2.add_run("Ingen kopitall av sikker klinisk betydning.\n") text3.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80) pg2.add_run("Gen-fusjoner: ") - text4 = pg2.add_run(Gen-fusjoner_line) + text4 = pg2.add_run(Gen_fusjoner_line) text4.font.color.rgb = docRGBColor(0,176,80) pg2.add_run("Somatiske punkt mutasjoner/insersjoner/delesjoner: ") text5 = pg2.add_run("Ingen funn av sikker klinisk betydning.\n\n") @@ -1574,7 +1576,7 @@ def main(argv): if(remisse_mail == True): remisse_file = output_path + ipd_no + "_Remisse_draft.docx" - remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,str_TMB_DRUP,TMB_DRUP,stable_text,str(sample_material),sample_type,sample_list,pipline) + remisse_mail_writer(remisse_file,ipd_no,ipd_consent,DNA_normal_sampleID,RNA_sampleID,extraction_hospital,ipd_material_id,TMB_TSO500_nr,stable_text,str(sample_material),sample_type,sample_list,pipline) # Move MTF file into extra_files folder if it exists. if os.path.exists(ipd_material_file_new): move_ipd_material_file = shutil.move(ipd_material_file_new, extra_path)